阿克博物馆藏品以反映阿克苏地区历史文化底蕴和民族民俗特色为主，共有藏品数量2163件，其中一级文物4件，二级文物16件，三级文物35件。所有藏品分为三大类：一是出土文物，主要是从地区所辖八县一市古文化遗址中采集以及近年来在墓葬中考古发掘出土的文物。有石器、陶器、木器、青铜器、骨器、铁器、丝织品、佛像等，系统全面地反映了本地历史发展的脉络；二是民族民俗文物陈列，主要是从民间征集反映本地古代各民族生产、生活的器具、服饰、文书等，阿克苏自古就是各民族的聚集地，藏品展示了各民族历史发展的脉络；三是新疆古代钱币陈列，主要是从地区境内各文化遗址出土、采集及民间征集的自西汉王朝设立“西域都护府”以来的汉代五铢钱、汉龟二体钱到清代新疆红钱、民国时的金币、银元、铜钱、纸币等。通过新疆钱币的发行和流通明证自汉代以来中央政府对新疆的有效管辖。阿克苏博物馆馆藏货币数量之大、版式之多充分显示了古钱币证史、补史的重要作用，尤其是清代新疆红钱，包括清政府在新疆设立的七个铸钱局所有种类的货币，形成了完整的红钱体系，丰富和发展了祖国钱币文化的内涵。阿克苏地区在清代乾隆朝以后有三个铸币局，而当时全国范围内一个省有一个铸币局，阿克苏地区的这种设置在全国而言是唯一的。因此，阿克苏博物馆新疆古代钱币陈列是区别于疆内其他博物馆的特色陈列。
珍贵藏品有：
单耳带流大彩陶罐 青铜时代。1999年出土。夹粗砂红陶，敞口，高领，束颈，溜肩，鼓腹平底，颈肩耳，窄流斜上翘。口、颈部饰三角纹，肩腹饰曲折纹，内口沿有窄条带纹。
青铜釜 春秋—战国。侈口，尖唇，弧腹，喇叭形高圈足，环形立耳，上有乳钉纹，腹部有一圈线纹。
驼纽铜印 汉代。高3厘米、底座3×3厘米。纽为卧驼，印座呈方形，印文为阴刻篆书“常宜之印”四字。
浮雕马首龙身鹰翼纹灰陶范 唐代。夹粗砂灰褐陶，模制。敞口，平沿，弧形斜腹壁，假圈足。口沿饰藤草纹，腹部主体纹饰为一个马首龙身鹰翼马蹄马鬃的动物。身上饰卷草纹，胫部饰勾莲纹，器底饰卷草纹。器内壁呈黑色，浅浮雕一人背影。
