教育部党风廉政建设领导小组办公室的工作规则主要包括以下几个方面:
1. 主任办公会制度: 每半年召开一次会议，由办公室主任主持，研究部署党风廉政建设和反腐败工作。会议结束后，会发布会议纪要。
2. 联席会议制度:
- 干部人事工作联席会议: 人事司、财务司、驻部纪检组和直属司负责人分别通报相关工作情况。
- 财务管理工作联席会议: 财务司报告财政方针政策和教育资金监管情况，直属司汇报巡视工作。
- 教育乱收费治理联席会议: 协调解决治理工作中问题，推动任务执行。
每季度召开一次，由办公室主任主持，会议纪要随后发布。
3. 专项工作会商制度: 根据需要召开，业务司局或相关部门介绍反腐倡廉和行风建设情况，研究解决重点问题和中央交办事项。
4. 信息报送制度: 机关各司局和直属单位需每季度定期报送党风廉政建设和行风建设情况，重要事项可即时上报。
5. 通报制度: 办公室会定期通报教育部党风廉政建设和行风建设进展，以及部机关和直属单位的重要案件情况。
6. 报告制度: 办公室每半年向领导小组会议汇报工作，年底总结全年工作，重大情况会及时专题报告。
2012年6月4日，教育部办公厅以教监厅〔2012〕3号印发《教育部党风廉政建设领导小组办公室工作规则》。该《工作规则》分机构职责、主要任务、工作制度3部分。