东京国立博物馆以其丰富的馆藏而闻名，藏品总量超过87,000件，涵盖了书画、雕塑、器物、织品、书籍、刀剑、金工等多个领域。其中的镇馆之宝包括“普贤菩萨像”和狩野永德的“桧画”，这幅作品展示了桃山时期狩野派的独特风格，充满了力量和豪放的气息。博物馆还珍藏了来自法隆寺宝物馆的古飞鸟时期和白凤时期的文物，这些历史文物承载着深厚的历史价值。
博物馆的顶级藏品中，有87件被日本政府列为国宝，610件则列为重要文化财产，其中中国文物尤其引人注目。宋元时代的绘画作品，如南宋李生的《潇湘卧游图卷》、李迪的《红白芙蓉图》、梁楷的《雪景山水图》以及元代因陀罗的《禅机图断简寒山拾得图》，都是其中的佼佼者，被授予了“日本国宝”的荣誉。东京国立博物馆的东洋馆专门展示中国文物，其中包括商周时期的青铜器和玉器，春秋战国以后的铜器、漆器、唐三彩和瓷器，以及汉晋南北朝的石刻造像和历代书法绘画。
据孟国翔在《日本侵华对文物的破坏》一书中所述，战后日本归还了一部分在战争中掠夺的文物，总计158,000多件，其中包含2000多件珍贵文物。尽管数量有限，但这反映了日本对历史文物的尊重和对历史责任的承担。然而，由于多种原因，中国并未继续追讨其余的文物。
东京国立博物馆收藏并陈列着日本及整个东洋地区的重要文化遗产。该馆的藏品多达8万9000件，其中有近100件国宝，500多件国家指定的重要文物。博物馆的主体建筑由象征日本历史的建筑物构成，历来被称之为"美术馆建筑与博物馆建筑的博物馆"。主馆中分类展出了日本美术品、出土文物、工艺品。东洋馆中陈列着亚洲、埃及等地的美术品和考古文物。另外法隆寺宝物馆中收藏有7至8世纪奈良法隆寺中的宝物约300件。馆内时常举办以某一专题为中心的"专题展览"以及跨学科的展览。