进出一次香港用一次签注，三个月有效就是要在获得签注后三个月内用完所有签注。如果是三个月内两次的签注，就要在这三个月内进出香港两次。
比方说你的《往来港澳通行证》中签注贴纸上写着有效期至 2011.1.25 ，你只要在这个日期内去就行了，你甚至在 2011.1.25 这天都可以去香港。你已在11月11号去了一次香港了，还有一次没去，你只要在 2011.1.25 这个日期内随便一天去就行了，并不是要在1.11号之前必须去香港。
港澳通行证三个月两次意思是说在3个月内，你可以往返香港2次，往返澳门2次，而不是指你可以在香港逗留3个月呢，在签证有效期限内，你可以选择任意时间出境，签证是3个月2次的，则说明在这3个月内出境2次，具体时间以签证上面的签注时间为准。
签注有效期的解释
以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
扩展资料
有效期限
证件有效期
往来港澳通行证有效期5年。2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
签注有效期
内地居民往来港澳签注分为6个种类，即个人旅游（G）、探亲（T）、商务（S）、团队旅游（L）、其他（Q）、逗留（D）根据申请事由分类签发。其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。
签注有效期的解释
以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
参考资料：百度百科-中华人民共和国往来港澳通行证