基金赎回时会亏损主要是因为基金赎回需要扣除赎回费。大多数基金买入和卖出时都需要扣除申购费和赎回费，所以这也就出现了刚买入就显示有负收益以及卖出到账资金于账户实际本金不符的情况了。基金赎回费的多少与基金持有时间和持有总金额有关系，基金持有时间越长赎回费扣除的越少，基金赎回总金额越多赎回费扣除的越多。
基金买入后，一般不建议7天内赎回，因为基金持有时间不满7天卖出赎回费费率是1.5%；而持有7天以上卖出赎回费费率是0.75%；持有7天以上30天以内赎回费费率是0.5%，持有730天以上赎回费费率为零，所以说投资者持有基金时间越长，卖出时扣除的手续费越低，最低也低至零。不过每个基金买入卖出费用收取可能会有所不同，投资者可以在交易时查看该基金详细买卖规则。