辰溪县农业综合开发办公室设有三个内设机构，分别是综合股、项目股和资金股，以高效地履行各自的职责。
综合股由股长谢晚莲领导，副股长欧华和杨志国协助。他们的主要工作包括进行深入调查研究，管理各类会议，制定和执行规章制度，负责公共交通管理，处理信息和信访事务，档案管理，报刊收发，考勤登记并每月公布，负责社保管理和计划生育，参与社会治安综合治理，提供后勤保障，确保会议卫生，管理办公场地，推进扶贫双联项目，组织员工学习，车辆管理和执行上级交办的任务。
项目股由股长刘勇负责，副股长赵玉国为辅。他们的工作重点在于调查研究，项目申报，技术培训，项目实施和跟踪管理，组织项目验收与评估，利用电脑系统管理申报和实施的项目资料，日常事务处理，统计工作，提供农业开发相关的数据和材料，同样完成业务工作和领导交办的任务。
资金股由股长张明玉和副股长邹万英掌管，主要职责在于编制办公室的综合财政预算，组织财政收入，管理标证，执行预算计划，审核开支发票，管理往来款项，参与项目结算，配合审计部门进行年度审计，确保财务合规，完成财务相关的业务工作和领导交付的任务。