背景设定
主角戴斯蒙是刺客世家后裔，被现代圣殿骑士组织绑架强迫通过基因记忆回忆祖先的事迹，为了找到金苹果1号。戴斯蒙通过露西的帮助逃离，然后躲起来回忆另一位祖先的事迹，起初是为了短期内提升戴斯蒙的身手，后来在这祖先的事迹中发现了其他秘密。戴斯蒙和露西他们的藏身处被圣殿骑士找到了，于是迁移并继续探索Ezio的事迹来寻找来自第一文明的资讯。戴斯蒙和露西一行通过这条线索来到罗马竞技场，找到了金苹果5号。但戴斯蒙被第一文明控制而刺杀了露西。结果得知因为露西是双面间谍，身为刺客在圣殿骑士卧底已被策反。而戴斯蒙因为长期读取基因记忆的副作用而思想被困基因记忆中昏迷不醒。唯一方法为找到Altair，Ezio和戴斯蒙的记忆链接点。
戴斯蒙一行获知了防止末日的方法就藏于位于纽约郊外的遗迹中；为了找到开启遗迹的方法，他必须去解读第三位刺客祖先的记忆。最终开启了遗迹且牺牲自己启动了第一文明的防御技术，从而防止了2012的世界末日。戴斯蒙死后，这里主角的身份为玩家本人，因此第一视角且没名字，是一个圣殿骑士游戏公司的新职员。戴斯蒙死后DNA被圣殿骑士提取了样本，所以任何人可以去回忆资料库里有的祖先记忆，这代主角要回忆一个海盗的记忆。
游戏剧情
12世纪，Altair被刺客导师给予刺杀9个圣殿骑士高层人物的任务，来为他犯的错赎罪。杀完9个圣殿骑士发现导师是内鬼，最后打败导师领导起刺客兄弟会。
15世纪末，年轻的Ezio一家被几乎灭门。为了找出幕后黑手而得知父亲是刺客，从而继承父亲衣钵为了复仇为刺客兄弟会效力。最终获得了成长，放了仇人一条生路，并且接触了第一文明留下的讯息。
16世纪初，Ezio回到基地，不久基地被仇人的儿子攻城，失去基地但早已成熟稳健的Ezio被迫来到罗马暗地调查并且招兵买马重建兄弟会。最终找到了金苹果5号，藏在了罗马竞技场底下。年迈的Ezio通过父亲当年的书信得知Altair的事迹，于是长途跋涉到伊斯坦布尔寻找开启12世纪刺客兄弟会城堡的底下图书馆；并且间接回忆了Altair保留在几把钥匙里的记忆，重温了Altair一生最重要的几个转折点。Ezio读取Altair的记忆的同时，戴斯蒙也在读取Ezio的记忆。最终找到了连接点——即来自第一文明的最终警告——2012世界会末日。
17世纪，Edward就是3代主角的爷爷，为了让岳父瞧得起，像当时很多年轻人一样去圆航海梦。当时政府支持私船袭击敌方舰队且可以保留战利品。Edward偶然遇到一个堕落的刺客带着宝物要去投靠圣殿骑士，Edward杀了这个刺客自己穿着刺客的衣服想去领赏无奈卷入刺客和圣殿的斗争当中。期间还是想着致富，直到身边的人相继离开才悟出人生真谛决定帮助刺客。（结局回到祖国生了3代里的海参。后来被杀，儿子被圣殿骑士抚养后加入圣殿骑士。）谢依原本是个刺客。当时3代里的老瘸子师傅在这里还是刺客导师，但是儿子去世等原因变得偏激，以至于下旨让谢依完成的任务导致大地震死伤无数。谢依偷走重要线索以阻止老瘸子导师，并被认定为叛徒被打下悬崖。之后被圣殿骑士救起发现圣殿骑士的教义更合理而帮助圣殿骑士猎杀刺客。
18世纪美国独立战争时期，海参身为圣殿骑士去美洲大陆找遗迹，但没找到。和当地原住民相爱育有一子——这儿子就是吧里潜规则说名字会被打的那个男人；这男人小时候村子被烧了，且母亲惨死。受到村长指引去找老瘸子学习刺客技术，后来为了自由和保护村民而战。结局发现靠一己之力无法影响大环境下的社会趋势。
Aveline小时候和母亲走散，被有钱人领养，作为一个大小姐暗地里却是技艺高超的刺客。曾和那个男人合作过。后来发现继母是有伟大理想的圣殿骑士且不惜为了理想害死继父，身为刺客的Aveline被继母的理想所感化最终加入了圣殿骑士。
