根据上述职责，市食品药品监督管理局设10个内设机构：
（一）办公室。
负责机关文电、会务、安全保卫、保密、计划生育、老干部、档案、统计管理及后勤保障等工作；负责机关日常工作的综合协调和督查；承担政务公开、信息网络建设管理等工作；负责对外合作与交流。
（二）政策法规科。
组织实施行政执法责任制；承担行政执法监督工作；承担规范性文件的审核备案工作；承担有关行政应诉和听证等工作；负责法律法规立法和修订的调研工作；指导本系统法制建设及普法工作。
（三）食品许可科。
承担餐饮服务许可、保健食品行政许可及化妆品卫生许可管理工作；监督实施国家、省餐饮服务许可、保健食品行政许可及化妆品卫生许可有关规范；拟订全市餐饮服务许可、保健食品行政许可及化妆品卫生许可有关办法并监督实施；承担保健食品及化妆品新原料使用、国产特殊用途化妆品生产等审核工作；指导、监督县区餐饮服务许可、保健食品行政许可及化妆品卫生许可管理工作。
（四）餐饮服务监管科。
承担餐饮服务环节食品安全监督管理工作；监督实施国家、省餐饮服务环节食品安全管理规范；拟订餐饮服务监管环节食物中毒应急处置预案并监督实施；负责重大活动期间餐饮服务食品安全保障的监督管理和检查、指导；承担餐饮服务环节食品安全状况调查、抽样检测和监测工作，发布餐饮服务环节食品安全监管信息；指导、监督县区餐饮服务环节食品安全监督管理工作。
（五）保健食品化妆品监管科。
承担保健食品、化妆品监督管理工作；监督实施国家和省保健食品、化妆品质量标准和技术规范；监督实施国家和省保健食品、化妆品生产经营有关监督管理规范；拟订全市保健食品、化妆品生产经营有关监督管理办法并监督实施；承担有关保健食品、化妆品样品抽验和安全性评价工作；负责保健食品、化妆品广告监测工作；指导、监督县区保健食品、化妆品监督管理工作。
（六）医疗器械监管科。
监督管理医疗器械生产企业、经营企业和使用单位；承担一类医疗器械产品注册审批；负责医疗器械广告的监测工作；组织开展医疗器械不良事件监测工作。
（七）药品安全监管科（与中药民族药监管科合署办公）。
监督实施药品生产质量管理规范、医疗机构制剂配制质量管理规范；监督实施中药饮片炮制规范和地方药材标准；监督实施中药材生产管理规范和野生中药材资源保护的管理工作；监督管理麻醉药品、毒性药品、精神药品、药品类易制毒化学品、放射性药品、戒毒药品、反兴奋剂包含药品的生产及原料药购用；监督实施非处方药物目录；组织实施中药品种保护制度。组织开展药品不良反应监测工作。
（八）药品流通监管科。
监督实施药品流通管理法律法规和药品经营质量管理规范；承担药品经营使用单位的日常监督管理；监督实施流通环节药品分类管理制度；负责药品零售经营许可；会同有关部门负责药品招标采购工作中投标的药品生产、经营企业资质审查；负责药品广告监测；负责麻醉药品、毒性药品、精神药品、反兴奋剂条例包含药品经营许可和监督管理；组织实施药品的监督抽验计划。
（九）人事教育科。
负责机关、直属机构和所属单位的机构编制、干部管理、人事管理工作；负责专业技术人员职称晋升初审申报工作；负责从业药师复查登记和变更；负责机关、直属机构和所属单位的出国人员政审工作。
（十）计划财务科。
贯彻执行国家、省、市有关财务管理的各项法律、法规和规章;负责对机关、直属机构和所属单位经费、资产实行统一管理;编制年度预（决）算;制定机关、直属机构和所属单位财务管理制度并组织实施;承担本系统有关行政事业性收费的监督管理工作。
机关党委。按党章规定设置，负责机关、直属机构和所属单位的党群工作。
纪检监察室。为市纪检委（监察局）的派驻机构，人员编制、领导职数单列。
