美国教育部的组织架构包括部长办公室、常务副部长办公室和副部长办公室，以及16个核心办公室和10个地区办事处。这些机构分别承担着不同的职责和功能。
部长办公室由教育部长领导，负责全面的教育部工作，作为总统在教育政策方面的顾问。其主要成员包括办公室主任、政策顾问、高级顾问、教学特别顾问和日程与简报处主任等。
常务副部长办公室是教育部的日常管理和决策核心，常务副部长行使首席行政长官职责，设有行政管理委员会和发展协调委员会，分别处理内部管理和教育质量提升事务。其主要成员有办公室主任和教育技术主任。
副部长办公室监督政策发展、教育预算和评估，下设预算部和计划评估部，负责预算管理、政策规划和效果评估。其主任分别担任副助理部长和相关部的主任。
业务机构方面，教育部通过项目支持教育，管理着200多个项目，涵盖从小学到高等教育的不同领域。比如，双语及少数民族语言办公室支持非英语儿童的语言学习，公民权利办公室保障教育公平，教育研究与发展办公室推动教育研究等。
行政部门包括财务、信息、法律、审计、政府间事务、立法和国会事务等多个办公室，负责财务管理、信息技术、法律咨询、项目审计和对外联络等重要工作。
此外，教育部还有10个地区性办事处，代表部长与各州和地方教育机构合作，尤其关注教育资助、公民权利和残疾人服务等关键领域。
联邦教育部（Department of Education）成立于1867年，1980年升格为内阁一级的教育部。现任教育部长（Secretary of Education）为阿恩·邓肯（Arne Duncan）。目前，教育部还设有常务副部长（Deputy Secretary）一名，副部长（Under Secretary）一名，助理部长（Assistant Secretary）八名。 美国教育部现有4700多雇员，其中大约3600人在首都华盛顿，分布在四个不同的办公地点。另有1000多人在教育部十个地区办事处办公。 教育部全年总经费420亿美元，管理200多个项目。教育部的行政运作费用占教育部总经费的1.9%。