商水县审计局内部结构分为六个关键部门，分别是：
1. 办公室：负责机关日常管理，包括文件起草、会议组织、宣传、信息、新闻发布、文秘、保密、信访、财务、安全等工作。它还负责审计工作规划和年度审计项目的规划安排。
2. 财贸金融审计股：主要对本级预算执行进行审计监督，对财政收支的合法性和效益进行检查，同时进行财政执行情况审计，并进行财税宏观管理的专项审计调查。
3. 工交审计股：重点关注县国有重点企业和国有控股企业的财务审计，对内部审计进行指导监督，并进行相关专项审计和审计调查。
4. 固定资产投资审计股：对县重点建设项目预（概）算执行和决算进行审计监督，包括政府投资项目的审计，以及对县直单位财政拨款建设项目进行财务监督，同时负责国有施工企业和房地产开发企业的审计工作。
5. 行政事业审计股：审计本级部门行政事业经费预算执行和预算外资金使用，关注农业、教育等领域的财务收支，对事业单位和特定基金的财务进行审计监督，确保农业资金的有效管理和投资效益。
6. 经济责任审计局：专责全县党政领导干部和国有企业领导人员的任期经济责任审计，确保权力的规范和责任的履行。