南丰县教育局内部设有多个功能各异的部门，以确保教育工作的高效运行。首先，办公室负责处理机关的综合性事务，包括公文处理、会议组织、新闻宣传、普法教育、信息管理、信访、档案管理、安全保卫以及后勤服务等综合性工作。同时，它还负责机关和直属单位的党的思想、组织和作风建设，以及工、青、妇工作。
其次，人事股主要负责干部人事、专业技术职务评聘、劳动工资、机构编制等关键事务。其工作涵盖教师资格认定、表彰奖励、职称评审，指导各级学校教师管理，师德师风教育，以及局直属单位和中小学领导班子的调整工作。此外，还负责退休干部职工的管理工作。
计财股则负责教育信息统计与分析，研究并提出收费标准，管理教育经费，监督经费使用，参与预算决算，管理国有资产，指导学校后勤改革，并协调工商税务和财务检查等工作。同时，他们还负责教职工工资发放和中小学收费管理，监督校舍建设和校园管理。
在教育方面，教育股负责制定教育发展规划，指导学校布局调整，管理基础教育和扫盲工作，制定评估标准，指导教育教学改革，以及管理信息技术教育、青少年科技教育等。学籍管理、教材工作、幼儿教育、特殊教育、德育、体育、卫生、艺术和国防教育等工作也在其职责范围内，包括初中和小学证件发放以及安全工作指导。
最后，监察室承担着教育执法监督和纪律检查的重要职责，包括教育行政执行情况、行政纪律遵守的检查，参与违纪案件查处，监督中小学收费政策执行和乱收费治理，校务公开的监督，招生考试、教师招聘等过程的监察，以及处理群众举报和接待工作。这些部门共同构成了南丰县教育局高效运作的坚实基础。