复旦大学是一所综合类重点本科院校，拥有共17个最好专业（特色专业）。专业没有好坏之分，只有冷门和热门的区别，复旦是精品办学，每一个专业都争取做到最好。
目前校内的热门专业有经济学院（金融学等），管理学院（统计学等），新闻学院，数学科学学院和上海医学院的临床医学八年专业。对于理科而言，复旦的老牌强势专业有生物、数学和微电子，名气比较大。
复旦大学新闻学、微电子学、软件工程（设3个专业方向）、临床医学、汉语言文学、预防医学、生物科学、哲学、物理学、基础医学、经济学、历史学、数学与应用数学、化学、国际政治、核技术、管理科学等专业可以说是复旦大学最好最有特色的专业了，这些专业为同类型高校相关专业和本校的专业建设与改革起到示范带动作用。