方圆社的制度中，棋士要定期比赛，此举一反四大家闭门研究的传统，增进了棋士间的交流[3]。方圆社成立初期，水谷缝治、小林铁次郎、高桥杵三郎与酒井安次郎四人的成绩最好，号称“四大天王”。其中又以水谷缝治的棋力最为秀甫所赞赏[1]。
相较之下，秀荣与秀元兄弟领导的本因坊家则毫无作为，秀荣认为要与方圆社争霸，需以家督的棋力为前提，就要求棋力较弱的秀元让位给他，1884年秀荣就任第十七世本因坊，并把林家并入本因坊家，将其资金用于坊门，不再另立家督。秀荣接着在与方圆社的比赛中先后赢了高桥杵三郎及中川龟三郎，并以黑棋赢了村赖秀甫，一时威名大震，但之后几盘秀甫都赢，直到第五局才又由秀荣扳回一乘，以下成拉锯状态，但秀甫始终比秀荣多赢两局，至此天下棋士均公认秀甫棋力为第一。方圆社棋士便想趁机推举秀甫成为名人（即九段），但秀甫谦辞不就。
秀荣在第九局赢了秀甫后，后藤象二郎出面建议秀荣与方圆社合作，金玉均也向秀荣分析利害，建议秀荣不但与秀甫合作，还要请秀甫兼任本因坊家督，自己成为方圆社的社员，如此则因秀荣棋力只输给秀甫，等秀甫去世后，必无人能与秀荣抗争，如此则秀荣可名正言顺的成为秀甫的接班人，同时执掌方圆社与本因坊家。秀荣听了十分高兴，立刻请后藤象二郎出面和秀甫谈判，之后于1886年达成如下协定：
本因坊与方圆社互相尊重对方的独立性
秀荣授秀甫八段免状，并以其家督地位让与秀甫
秀甫授秀荣七段免状
方圆社之后发行免状需得本因坊家的副署（因此本因坊家可以与方圆社拆帐）
秀甫的后继人应由棋界最强者充任
秀甫兼任本因坊家督后，就努力团结安井及井上两家，并广泛组织各地的方圆社分社。在他的促成之下，泉秀节于大阪建立了方圆社的关西分社，中根凤次郎组织中国分社，降矢冲三郎筹组横滨分社等。由于积劳成疾，秀甫于同年过世了，享年49岁。中江兆民在《一年有半》中列举日本近代非凡的三十人，其中也有秀甫在列，足见其受人重视之程度。 秀甫死后，方圆社继任者为中川龟三郎，本因坊家家督则由秀荣重任，由于两人棋力相当，造成方圆社与本因坊家在东京对峙的局面，关西方面则是方圆社的分社与井上家合作，虽有两派却不如东京之对立。1899年，中川龟三郎退休，本希望石井千治继任社长，客座的岩崎健造加以辅佐，但岩崎健造早想取得社长的职位，便佯装会错意而接任社长，并让石井千治担任副座，中川龟三郎也不好意思将他拉下来，便将错就错。
岩崎健造接任社长后，大力整顿社务，他将方圆社迁到自己的家中以节省租金，又变更大手合制度为每月两次，并在方圆社发行的“围棋新报”上刊登广告以增加收益。同年还请读卖新闻主办“围棋电信手合”，由岩崎健造与泉秀节对局，每天只刊登一两手，激起棋迷兴趣，并分析局势变化。读卖新闻刊载围棋谱即是由此开始[1]。
岩崎健造虽对社务大有贡献，却凡事独断独行，石井千治对其不满，就脱社建立了“围棋同志会”。岩崎健造退休前在石井与广濑平治郎中考虑后继人，终因广濑人缘恶劣而要求石井回社继任社长，并提升广濑平治郎为六段以安抚其不满之气。
在这段时间，秀荣名人过世了，本因坊秀哉接任本因坊家督。 广濑平治郎到任后，向各界募款十五万元，计划创立日本围棋协会，统一组织。但他与岩崎健造一样人缘颇差，基金才筹得一万五千元，他就自行把方圆社搬到丸之内大楼，此事事前没有人知道，濑越宪作、铃木为次郎等理事提出抗议，广濑拉拢两人，要求理事会追认迁社的事，濑越等人提出协会资金帐目必须公开，广濑也同意了，不料广濑身边的一位侍童被责骂后心有不甘，跑到濑越处将广濑历来瞧不起濑越、铃木等人的言论向两人告密，两人大为愤怒，且他们本来就对旧制有所不满，一气之下便脱离方圆社，建立了稗圣会。广濑正因资金没有着落而烦恼，又逢濑越等人脱社，一急之下便生了病，不幸半身瘫痪、无法工作，索性退休，以岩佐圭继任社长，并擢升爱徒加藤信为副社。
稗圣会成立后，由于采行新制度，十分吸引年轻棋士，使积习较深的本因坊家与方圆社大为苦恼。本因坊秀哉考虑后决定与方圆社合作，加藤信也同意，于是两派便在丸之内大楼合组为“中央棋院”。但两家貌合神离，实际上只是享彼此利用，三个月后，加藤信不甘本因坊家利用方圆社现成的资金，向秀哉提出“旧方圆社所募资金应归方圆社所有”及“棋院新报实为方圆社围棋新报之延续，该报发行与营业应归方圆社所有”两项要求，甚至要求秀哉取消本因坊的头衔，恢复田村保寿原名。秀哉不能接受这些不合理的要求，加藤信便以此为由，于4月5日晚上连夜将中央棋院的招牌拆下，换上方圆社的老招牌，第二天本因坊家的棋士要到棋院时都被阻挡、不得进入。本因坊秀哉大为愤怒，另在银座成立中央棋院。原属方圆社的喜多文子及小野田千代太郎由于觉得加藤信举止荒唐，便脱社而归入中央棋院。 水谷缝治（1846年－1884年）：棋力六段，为方圆社初期“四大天王”之一。秀甫赞为“天下受我先能保得住者，只有中川龟三郎和坊门的秀悦、秀荣两兄弟罢了；但水谷缝治则属例外。”
小林铁次郎（1848年－1893年）：原为井上家松本因硕的徒弟，方圆社创立初期的人物之一，担任副社出力甚多。
中川龟三郎（1837年－1903年）：本因坊丈和之子，在本因坊家求立为家督不成，转而与小林铁次郎合作创立方圆社。中川对人和蔼，但下棋毫不放松，岩崎健造评为“先生平生温厚如珠，但在局上则严谨非常，判若两人。”
石井千治（1869年－1928年）：1883年入方圆社为塾生，后为第四任社长。中川龟三郎临死前要求他入继，石井之后便为中川龟三郎二世。
田村保寿（即本因坊秀哉，1874年－1940年）：1885年入方圆社为塾生，与石井千治、杉冈荣治并称“方圆社三小僧”，1891年嫌社内课业繁忙而脱社，后为本因坊秀荣之徒，并继任第二十一世本因坊家督。
濑越宪作（1889年－1972年）：出生于广岛，棋力全凭自修。后脱社成立稗圣会。
铃木维次郎（1883年－1960年）：中学时加入方圆社，后与濑越等脱社成立稗圣会。在日本棋院成立后另外成立了棋正社与秀哉对抗。
