1、作用不同
新型农村合作医疗制度以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等都在该保险范围内，这项规定使得农民实际受益有预想的那么大。
而学生住院治疗期间，如预支住院治疗费有困难，可先由辅导员或班主任替学生向学校预借医药费，金额由校医院根据病人病情予以确定并在申请单上签名，再到计财处转账。
2、补助范围不同
新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险筹资方法为：各级财政对新农合和
居民医保人均补助标准在2013年的基础上提高40元，达到320元。其中：中央财政对原有120元的补助标准不变，对200元部分按照西部地区80%和
中部地区60%的比例安排补助，对
东部地区各省份分别按一定比例补助。
而学生基本医疗保险费由个人缴纳和
政府补助两部分组成。筹资标准为每人每年230元，其中政府补助200元，个人缴纳30元；对于低保家庭和重度残疾学生个人缴费由政府全额补助。
拓展资料：
1、大学生医保：经过多轮修改的新医改方案“
两会”后将对外公布，其中大学生被纳入医保是一大亮点。多数高校里计划内招收的大学生享受
公费医疗，扩招生则参加商业医疗保险。方案最终版将大学生纳入城镇居民医保，这意味着今后大学生得自己缴费，不再享受公费医疗的“好处”。
2、农村合作医疗保险：农村合作医疗保险，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。农村合作医疗是由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。