按照《中华人民共和国立法法》第六十三条“ 省、自治区、直辖市的人民代表大会及其常务委员会根据本行政区域的具体情况和实际需要，在不同宪法、法律、行政法规相抵触的前提下，可以制定地方性法规。”可知《江苏省特种行业治安管理条例》属于地方性法规，《中华人民共和国治安管理处罚法》属于法律，按照上位法优先适用原则，应当适用《治安处罚法》。
按照《立法法》第六十四条的规定，“ 地方性法规可以就下列事项作出规定： (一)为执行法律、行政法规的规定，需要根据本行政区域的实际情况作具体规定的事项；(二)属于地方性事务需要制定地方性法规的事项。”以及《治安管理处罚法》第四条 “在中华人民共和国领域内发生的违反治安管理行为，除法律有特别规定的外，适用本法。”可知，此处法律并未授权地方性法规做出与法律相抵触的变通规定，因此，应当使用《治安管理处罚法》
至于新法优于旧法，特别法优于一般法的规则，是在同一位阶的法律出现矛盾时的处理办法，此处显然不适用。
综上所述，按照立法理论及法律规定来看，应当适用《治安管理处罚法》。
至于现实中是什么情况，就不多说了，地球人都知道。
参考资料：《中华人民共和国立法法》