南京地理与湖泊研究所将创新文化视为其知识创新工程试点的重要组成部分，这是对中国科学院先进文化理念的实践。创新文化被视为推动科研活动顺利进行的必要氛围，它涵盖了科技活动中群众创新精神的集体体现和相应的行为表现形式。这种文化的具体体现包括园区的设计理念，整体形象的塑造，以及严谨的规章制度的制定。
创新精神是创新文化的核心内核，它鼓励科研人员勇于探索，敢于挑战。科学思想的普及和价值导向的明确，为研究所的工作提供了清晰的方向。伦理道德的强调，确保了科研活动的公正和公平，而爱国主义精神的弘扬，则激发了科研人员对国家科研事业的热爱和奉献精神。
总的来说，南京地理与湖泊研究所的创新文化致力于构建一个既能激发创新思维，又能保障科研规范的环境，以实现科研工作的高质量和持续发展。这种文化不仅影响着研究所内部的科研活动，也在很大程度上塑造了其在学术界的地位和影响力。
中国科学院南京地理与湖泊研究所的前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的综合研究机构。中国科学院院士黄秉维、任美锷、周立三曾先后担任过所长。现有在职职工171人，其中有中科院院士1人、研究员29人、副研究员和高级工程师72人。在站博士后近20人，在学研究生规模超过150人。