1、车站地址不一样
福州南站在福州市仓山区城门镇胪雷村浦道街（浦头道）自然村。
福州站在福建福州市晋安区新店镇华林路502号。
2、建造时间不一样
2008年9月2日，福州南站正式开工兴建。2010年4月26日，福州南站投入使用。
福州站建于1958年， 于2011年11月9日进行改造扩建工程，于2013年12月正式投入使用。
3、站台线路不一样
福州南站主要线路：福厦铁路、福平铁路等。
福州站主要线路：峰福铁路、温福铁路、福厦铁路、昌福铁路、合福高速铁路等。
参考资料来源：百度百科-福州站
百度百科-福州南站