唐贞观十二年(公元638年)，冯盎又在莲花宝地观音寺西侧建起了海南第一座冼夫人庙。 唐大中三年(849年)。一位少林寺高僧随同被贬为崖州司户的当朝宰相李德裕来琼，船未靠岸便一眼看中了莲花宝地，立志留下来扩建寺庙。唐大中五年(公元851年)，新扩建的观音寺建成开光。
此前，莲花宝地旁还建有一座鲁班庙，其规模较小。
宋徽宗宣和四年(1122年)，皇帝第一次为福建莆田的首座妈祖庙赐名“顺济庙”，这期间，海南第一座妈祖庙就建在观音寺旁。
元朝末年，海甸莲花宝地来了一位云游到此的老和尚，住在被毁的观音寺残存的两间破房里。老和尚年逾古稀，须发皆白，但面色红润，慈善安详。他每天都访贫问苦，为老百姓看病
送药。在海甸，被他治好的病人和救济过的穷人数不胜数，老和尚的传闻也不胫而走，成为远近闻名、街谈巷议的话题。尤其在贫苦大众中，这位不知名姓的长老，成为一位传奇式的人物。据说，长老给人治病，来者不用开口，他就能把疾病的来龙去脉说得一清二楚，他用药也很简单，一般只用他自己采制的草药，药到病除，妙手回春，立竿见影，救人无数。广大老百姓都把他当作观音菩萨派她身边的善财童子下凡来救苦救难，因此大家都尊称他为仁心长老。仁心长老在为众生做好事的同时，也不忘劝人敬佛。然而，要敬佛就得有寺庙，于是，海甸当地的人在长老领导下，开始为建寺募捐，日积月累，不到半年便攒够了建寺的费用，于元末之际，请来了一班能工巧匠，选定吉日良辰，在原观音寺旧址上破土动工。正当工程进入高潮，又值大明取代元朝的动乱之秋，工程停顿。于明初洪武二年(1369)在明太祖皇帝的关照下，选派巧匠加紧修建(琼州府志巷三记录)，仁心寺终于告竣。为了表达对明太祖的高功大德的敬意，经民众公议认为观音大士救苦救难的慈悲心就是仁心，又是仁心长老带头募捐建寺，便一致同意将寺院命名为仁心寺。后人并将明太祖圣像供奉于仁心寺中。至此，仁心寺成为海南社会发展、经济繁荣的吉兆。海口市也迅速发展为一个港口型商业城市。据明万历《琼州府志》卷三记录，海港“帆樯之众，森如立竹”。明代，海南进入稳定发展时期，仁心寺成为海南的佛教胜地和地方繁荣的标志。
明万历三十三年五月二十八亥时(据《琼州府志》)，即公元1605年7月13日深夜11时左右，琼北发生7.5级大地震，震中在琼山。这是中国历史上唯一导致大面积陆沉的地震，琼山与文昌交界沿海地面陆沉面积达100平方公里。琼北一带天崩地陷，山摇海哮，树倒房塌，人畜死伤。这时奇迹出现了。莲花宝地在大风海浪中依旧安然无恙，仁心寺在风雨飘摇中昂然屹立，众多百姓群集莲花宝地避难，更为神奇的是，仁心寺的古井井水依然清甜如故，且取之不尽、饮之提神，在救灾中起了巨大的作用。这一次考验，使仁心寺的名望传遍海南，远播东南亚，仁心寺进入香火鼎盛时期，一直延续到明朝末年，长达两百多年。直到明末农民起义推翻明王朝，加之沿海倭贼的劫掠，在动乱中仁心寺受到战乱的破坏，暂时失去昔日的光辉。大清一统后仁心寺再现生机。
在明末农民起义的混战中夺取了中国政权的大清王朝，励精图治，革故鼎新。经过康、乾盛世，中国再度出现了江山一统、兴旺发达的太平盛世局面，全国各地寺庙如雨后春笋般建设起来，也迎来了仁心寺再度辉煌的时期。据史料记载：清雍正五年(1727年)和嘉庆十八年(1813年)，海口被定为广东省四大船舶修造中心之一。当时海甸河北岸船坞鳞次栉比，一片兴旺。正是在这个背景下，仁心寺的重建又逢最佳历史机遇。
清仁宗嘉庆元年(1796年)，安徽九华山有位叫慈公上人的法师云游天下，在佛祖诞辰前来到海南。他的渡船从海定到达海口，就在仁心寺对岸(现长堤路海关附近)登陆。他上岸后四顾形势，见海甸河对岸林木葱郁、鸟语花香，远远看去，宛然一朵漂浮在海上的青莲花。他对随他同来的小和尚说，这是我有生以来见到过最好的风水宝地之一。于是，二人过江登上海甸岛仁心寺的所在地，但见林木参天中一座残破的小庙七零八落，不免叹息一番。向周围居民打听，人们争向慈公上人诉说心中夙愿，盼望有高僧大德来主持重建工作。一致请求他留下来领导当地老百姓来完成这一千秋万代的功德。慈公上人欣然应允，便和小和尚留下来进行筹备工作。据说，慈公上人继承了仁心长老遗风，一心为民间疾苦奔波。他不仅得到普通老百姓的拥护支持，也得到官方和富户的协同和帮助，还有海外华人的捐献。不到一个月，募化的款额已足够建一座大庙之用。施主中有一位姓陈的财主，祖籍福建厦门，来海南经商已三代，是有名的富豪。他独自出钱买下大片土地供仁心寺建设之用，立志要建一座海南一流的大寺，以了却他的敬佛弘法之心愿。
据传，陈财主虽富甲海口，却美中不足，未得一男孩传宗接代，只好抱养一个男孩，指望他今后继承陈家的家业，为陈家传宗接代。奇怪的是这个男孩长到12岁了，还一直不吃荤，只吃素。更为奇异的是，这小孩平常只爱去寺庙看僧众诵经，听后即牢记不忘，出口成诵。他还爱模仿做法事、参禅等活动，并自称出家人，口中不离阿弥陀佛。过了12岁后，这个男孩自己在陈家的院子里搭起了一个小茅棚，与养父母分居，一个人在里面念经，后来一个人跑到仁心寺找慈公法师，要求出家。法师看到这个男孩仪表不凡，心知他是观音菩萨派下来弘扬佛法救苦救难的，但由于陈家抱养他长大，他尚未完成为陈家传宗接代的任务，便要他回家去，十年后再出家。这个男孩回到家里后，讨了老婆，生了四个男孩，24岁这一年便离开了妻儿，正式出家到仁心寺。
嘉庆3年(1798年)佛诞大庆之时，重建的仁心寺落成开光与佛诞节同时举行，慈公上人作为方丈主持了隆重的仪式。地方上官员、名门望族和民众无不欢欣鼓舞，同庆这件海口佛教大事。从此，海南佛教史也翻开了新的篇章。
慈公上人在仁心寺广收弟子，为海南佛教播下了种子。他的弟子不仅有本地人，还有慕名前来的内地和海外华人，远及东南亚各国。据说，当时仁心寺僧徒多达千人，为海南之冠。寺院藏经之多，也甲于琼岛，在慈公上人主持下，仁心寺生机勃勃，欣欣向荣，名传海外，直达朝廷。传说嘉庆皇上有位皇妹，从小沉默寡言，不爱富贵荣华，满怀慈悲之心，爱读佛经。她十六岁时已出落得花容月貌，但内心却冷若冰霜，只求早做世外人。一天，她去参拜观音后，当晚梦见观音显圣，对她言道：“欲皈佛门，永依仁心。”她当即向皇上请求到仁心寺出家，皇上劝阻不了，只好依允，悄然让她南下，从此在仁心寺剃度落发为尼，群众传说她是观音菩萨派她的龙女下凡来重振仁心寺声誉。清仁宗为褒奖慈公上人弘扬佛法之德，也为了皇妹之故，给仁心寺御笔亲书题写了寺名与大雄宝殿名，并赐圣旨嘉奖。至今这份圣旨还保留着作为镇寺之宝，这也是海南佛教史上的一件破天荒纪录。
在慈公上人众多弟子中，陈财主的养子是天资灵敏，悟性透彻的高徒。他24岁正式出家，不出半年，却把庙里的佛经背得滚瓜烂熟，且心领神会，出类拔萃，众弟子难及其万分之一，成为慈公上人的当然接班人。为此，慈公上人为他取了法号炼真，鼓励他修炼真谛，身体力行。炼真和尚不负上人苦心，深得众僧与当地群众好评。陈财主全家也福星高照，人财两旺。
嘉庆11年(1806年)，慈公上人年满108岁。是年，他自觉菩萨召唤，到了他传衣钵的时候。一旦，他打坐中仿佛见观音显现，金身灿烂，脸含微笑。慈公知时辰已到，召集全寺僧众，将衣钵传给炼真。炼真跪拜受传，当了仁心寺方丈。是晚，慈公上人圆寂，当地群众见祥云聚集于仁心寺上空，上人端坐其中。不久，祥云冉冉向东北飘去，慈公上人往九华山飘然逸去。
从此，仁心寺在炼真法师主持下，香火鼎盛，名声大振。自炼真法师后，历经十代传人，都由本地出生的高僧大德主持。清末民初，军阀混战时期，大雄宝殿、药师殿等主要大型建筑先后遭破坏。抗日战争中，又进一步凋落，寺庙气象一落再落，仁心寺又一度陷入困境。然而仁心寺莲花宝地的风水，仍然保持其本来品质，不因沧海桑田而有所变化。
1949年9月，海口又发生了特大洪水，洪水淹到了二层楼高，唯独仁心寺内安然无恙，海口的百姓都跑到仁心寺避难。1996年海口刮起特大台风，涨大水，海甸岛四处是水，据说唯独仁心寺所在地没有涨水，难怪一百多年前，法国人也看中了这块地的风水，在距仁心寺不到200米的地方建起了法国领事馆。仁心寺主持法师被日军杀害。
历史巨变，沧海桑田，仁心寺千百年的历史，深深地印着时代的烙印。以前，海南岛孤悬海外，与内地远隔，唯独仁心寺信徒遍布海内外，现在分布在东南亚一带有4000多海南华侨，都是仁心寺的信徒。到了上世纪三十年代，日本鬼子侵占海南岛，到处烧杀抢劫，仁心寺也不能幸免。为了保护仁心寺，寺内的僧人和当地百姓奋力抵抗，仁心寺保住了，但仁心寺的主持法师却被日本人杀害了。
新中国土地改革时，该寺成员均划为贫农，按政策共分得水田8亩多，旱地3亩多(仁心寺占地14.3亩)。1956年和1958年农业合作化和公社化时，水田划归集体统一管理。1962年至1964年间，庙宇被渔船厂占用。为此，海口市佛教协会曾致函中国佛教协会报告此事，并接批复“此事已转回地方办理”。时值“文革”非常时期，无人过问此事，逐成积久潜案。现在佛寺旧址中的各种建筑物已被拆除。嘉庆皇帝御笔亲书“大雄宝殿”匾额被砸，铜佛、铜钟、铜香炉、铜鹿、字画楹联、陶瓷器皿、法器、经书等全部被盗。
1994年9月8日，海南省民宗委(现民宗厅)发文同意恢复开放仁心寺。仁心堂正式定名为仁心寺。该寺与三亚南山寺、定安普济寺、万宁广善庵、陵水三昧寺、屯昌福庆寺、西仁寺等7所寺庙一起，成为海南首批开放的寺庙。仁心寺“恢复开放”之后，新塑了释迦牟尼坐像和千手观音、文珠、普贤菩萨像，设有经书法物流通柜台。
