清光绪32年，成立山东高等农业学堂，创建于济南，学生多为秀才，毕业后可直接出国留学。
1913年改名为山东公立农业专门学校。
1926年奉系军阀督办张宗昌将山东公立农业专门学校一一农专、工专、商专、矿专、医专、法专等五所专门学校合并，成立了山东大学，其中公立农专成为省立山东大学农学院。
1928年因“五卅惨案”学校停办。
同年省立山东大学农学院改为国立山东大学农学院，迁址青岛。
1947年山东省立农学院在济南原公立农专旧址宣告成立，院长阎若闵。
1948年9月，济南解放，山东省人民 *** 将原山东省立农学院与山东省立高级农业职业学校一并接收，同年12月又将山东省人民 *** 实业厅在青州举办的农林专科学校合并于农学院。
1952年9月，随着国家建设的需要，山东省立农学院与当时的山东大学农学院合并，同时调入齐鲁大学农业专科、金陵大学园艺系、南京大学园艺系果树组，组成了新的山东农学院。
1953年11月，山东农学院为了加强党对学校政治思想领导和保证监督党在学校方针政策的贯彻执行，经山东分局批准成立 *** 山东农学院委员会，党委书记华山。
1958年根据省委指示，学校迁址泰安，由山东农学院、山东林学院、山东畜牧兽医学院、泰安农业专科学校、泰安水利学校合并建立山东农业大学，1959年改称山东农学院。
1983年9月，将原山东农学院更名为山东农业大学，原院长陈瑞泰为校长，王成旺仍为党委书记。
1999年7月，经山东省人民 *** 批准，将山东农业大学、山东水利专科学校合并，同时将山东省林业学校并入，组建新的山东农业大学。
2010年入选”山东特色名校工程“应用基础型5所之一。
2012年5月，国家林业局和山东省人民 *** 签署协议合作共建山东农业大学。
2012年6月，山东省人民 *** 与农业部签署了《关于合作共建山东农业大学的协议》，从此，山东农业大学正式跨入省部共建大学行列。