鹿邑县教育体育局的内设机构包含了各个部门，各司其职，保障教育工作的顺利进行。
首先，办公室负责全局机关的综合协调，包括政务、事务管理，文件运转和管理工作，涉及文秘、保密、信息、宣传、计划生育、档案管理、车辆调度、文印和保卫等工作。同时，他们还需处理局领导交办的重要任务。
人事股主要负责教育系统的人事、劳动工资、机构编制和教职工思想政治工作，包括干部考核、任免、表彰奖励和教师资格认定管理。
教育股负责全县基础教育的综合管理工作，确保九年制义务教育的实施，指导中小学德育、图书室、校外教育，以及常规管理工作。
计财股则是教育经费的统筹管理者，监管直属单位和乡镇学校的财务，编制预、决算，并推进学校后勤工作和改革，进行教育信息统计分析。
师训股专责全县中小学校师资培训，指导教师进修学校队伍建设。
职成教育股管理中等职业技术教育和成人文化技术教育，制定发展规划，指导职业教育教学改革和德育工作，确保职业学校和成人学校的安全。
纪检组参与党风廉政建设，监督教育系统的党风廉政建设和反腐败工作，处理违规案件，促进行风建设。
督导室代表县人民政府进行教育督导，监督各乡镇和学校执行教育方针和政策，确保教育目标的实现。
体卫艺股指导学校体育、卫生、艺术教育，负责中招体育加试和社区体育工作。
行政审批股由刘光荣负责，主要负责社会力量办学的法规宣传和审批工作，监督社会力量举办的学校的运营。
教研室致力于全县中小学校的教学研究，推动教学改革，总结推广教学经验。
安全办协调学校安全工作，处理安全事故，维护校园周边环境。
其他如仪器站、电教馆、招生办、危改办、勤俭办、人事档案室、函授站、目标办和招商办等，各自承担着教育系统内的专业职责。