晋城市林业局设有六个主要的内设机构，每个机构都有其特定的职责和功能。
（一）办公室
负责处理局机关的日常行政事务，包括文电、会务、信访、督查、机要、档案和保密等工作。此外，它还负责全市林业的宣传报道，规范性文件的审核，生态文明和生态文化建设指导，林业信息化建设和政务公开，以及应急体系建设和后勤管理工作。
（二）人事教育科
负责局机关和直属单位的人事劳资、机构编制管理，制定并实施全市林业人才培训和教育规划。此外，它还负责林业队伍建设指导，以及机关和事业单位离退休人员的管理工作。
（三）发展规划与资金管理科
主要负责制定全市林业的中长期规划，制定林业经济调节和投资政策。它还负责林业项目的审核、投资计划管理、监督和资金验收，编制年度林业生产和投融资计划，指导林业系统财务管理，监督林业投资，并负责林业统计和国有资产管理工作。
（四）造林绿化管理科
负责组织各类公益林和商品林的培育，指导植树造林和水土保持工作。同时，它还负责指导义务植树、城市和部门绿化，以及平原林业、森林经营和林业碳汇等工作，还负责种苗、造林和营林质量管理，以及农村林业改革和产业发展政策的拟定与实施。
（五）森林资源管理科（木材行业管理办公室）
主要负责集体林权制度改革的监督和指导，林地林木承包经营、流转及林权管理，森林资源调查和限额编制，森林征用监督，森林资源资产管理，以及木材经营许可和行政监督工作。此外，它还负责生态灾害应急和野生动植物保护管理。
（六）林业科学技术科
负责林业科技发展规划，组织林业科学研究和技术推广，推动科技创新和标准化工作，管理植物新品种，监督林业转基因生物安全，参与对外合作与交流，以及涉及港澳台的林业事务。
最后，关于纪检监察机构，其工作按照相关规定执行。