根据刑事诉讼法的规定，刑事案件通常由公安机关管辖。然而，存在一些例外情况，比如涉及贪污贿赂、国家工作人员渎职、利用职权侵犯公民权利与民主权利的案件，以及省级以上人民检察院决定立案侦查的其他重大案件。自诉案件中，若被害人有证据证明的轻微刑事案件因证据不足被驳回起诉，被害人有权向公安机关控告，公安机关应当受理。军人违反职责的犯罪和军队内部发生的刑事案件、罪犯在监狱内犯罪的案件以及其他法律规定的特定案件不属公安机关管辖。
刑事案件的管辖通常遵循犯罪地原则，即由犯罪行为发生地或结果发生地的公安机关负责。犯罪地包括犯罪行为实施地、预备地、开始地、途经地、结束地等与犯罪行为相关地点。居住地则包括户籍所在地与经常居住地，其中经常居住地指的是离开户籍所在地连续居住一年以上的地方。特殊情况下的管辖则根据法律、司法解释或其他规范性文件特别规定。
针对或利用计算机网络实施的犯罪，由网站服务器所在地、网络接入地、网站建立者或管理者所在地、犯罪对象被侵害地、犯罪所得实际取得地等进行管辖。行驶中的交通工具上发生的刑事案件，由交通工具最初停靠地或始发地、途经地、到达地的公安机关管辖。几个公安机关对同一案件均有管辖权时，由最初受理的公安机关负责，必要时，可以由主要犯罪地的公安机关管辖。对管辖不明确或有争议的案件，可以由有关公安机关协商，协商不成则由共同的上级公安机关指定管辖。上级公安机关可以侦查下级公安机关管辖的案件，反之亦然。
县级公安机关负责本辖区内的刑事案件侦查，设区的市一级以上公安机关则负责重大的危害国家安全、恐怖活动、经济、集团等案件的侦查。在特定情况下，上级或下级公安机关可根据需要对案件进行管辖。公安机关内部对刑事案件的管辖按照刑事侦查机构的设置和职责分工确定。
铁路、交通、民航、海关等系统内的刑事案件由专门的公安机关管辖，涉及铁路建设施工工地、森林、海关走私犯罪等案件则由相应公安机关负责。而涉及人民检察院管辖的案件时，公安机关应当将案件移送人民检察院，并根据案件性质为主或配合侦查。公安机关与其他侦查机关互涉的案件，应参照相关规定办理。军队与公安系统互涉的案件则按照相关规定处理，列入武装警察部队序列的公安边防、消防、警卫部门人员的犯罪案件由公安机关管辖。
2012年12月13日，中华人民共和国公安部令第127号公布修订后的《公安机关办理刑事案件程序规定》。该《规定》分任务和基本原则，管辖，回避，律师参与刑事诉讼，证据，强制措施，立案、撤案，侦查，执行刑罚，特别程序，办案协作，外国人犯罪案件的办理，刑事司法协助和警务合作，附则14章376条，自2013年1月1日起施行。1998年5月14日发布的《公安机关办理刑事案件程序规定》（公安部令第35号）和2007年10月25日发布的《公安机关办理刑事案件程序规定修正案》（公安部令第95号）予以废止。