孤岛惊魂5一共有三个结局，第一结局是隐藏结局，神父离开，第二结局是反抗结局，主角被洗脑，在车上会杀死警长和所有人，第三个结局是反抗结局，主角只身一人前往教堂面对神父，最终会引发核弹的爆发。
孤岛惊魂5三个结局分别如下：
1、隐藏结局
第一结局，也就是隐藏结局，坐飞机到神父那不用抓，等一会会自动触发离开动画
2、悲剧结局
第二结局，最后的选择一 离开，被精神控制了的盟友不会杀了你的朋友，然后你和你的朋友离开，不过你的盟友全部留下，因为主角被雅各做了一种实验听见歌曲《Only you》就会性情大变，所以在离开中车上警长点开了收音机，收音机会播放那首曲子，触发悲剧结局。
3、反抗结局
第三结局，最后的选择二，反抗全部被精神控制了，需要打倒自己盟友和朋友，救起来就清醒全部救了打倒神父，逮捕神父中会触发核爆剧情，倒计时之前赶往堡垒(触发成就永远在一起)，触发剧情车上朋友全死了神父不见自己也晕了。然后被人带到堡垒里，突然醒了和开头一样不过这次是神父不是老兵。