县一级的保卫团在初期由县直接管辖，随后在省一级的管理上，一些省份如浙江、江西、安徽、湖北、河南等设置了保安处，如陕西、福建则设立了省保卫委员会和团务处。这些机构原本是为军事需要临时设立，但国民党中央军事委员会在30年代初颁布的条例规定，省保安处在省政府下正式设立，其组织机构包括省保安处、区保安分处，负责全省的保安和军事行政。省保安处直属于军事委员会，统辖全省保安部队，指挥地方保卫团，指导警察训练，处理征募、召集等事务。同时，根据需要在省内划分保安区，设置保安分处进行具体管理。
1934年的《各省保安制度改进大纲》进一步明确了保安制度，规定省设保安司令由军事委员会委员长提名，省政府主席兼任，保安处成为常设机构。区一级的保安机关则改为区保安司令部，但省级仅设保安司令，具体工作仍由保安处负责。这违反了《省政府组织法》关于军职者不得兼任省主席的规定，实际赋予了军人干涉政府事务的权限。
1936年，行政院发布的《省保安司令部组织规程》明确了保安司令部的层级和职能，它隶属于行政院，接受国防部和内政部的监督。司令部下设多个科室，包括秘书室、参谋处、警保处、新闻处、总务处等，分别负责机要、情报、警政、交通、宣传等事务，人员任命遵循相关法规。保安司令部还负责编组和管理各类保安部队，包括税警财经保安、水运、交通、铁路、城市、矿业、空军机场、防空和装甲部队等，以保障全省的全面安全。
保安团（bǎo’āntuán）是旧中国地方上建的保安武装，另外奥地利在第一次世界大战后建立的地方组织也名为保安团。