哈剌和林古城遗址是珍贵的考古学文化遗存，对其进行考古调查、发掘研究的同时采取措施加以保护和修整甚为必要。该遗址的考古研究工作虽取得一些成果，但仍存在破坏遗址、盲目改造遗迹遗物等问题。
1956 年，在蒙古国前杭爱省哈剌和林苏木建立“哈剌和林国营农场”，哈剌和林遗址周边地区人口逐渐增加，各种经济活动日益繁多。
遗址附近进行大面积农业耕作、建造灌溉设施、电缆、工厂等以短暂的经济利益为目的建设项目，使哈剌和林遗址受到严重破坏。蒙古国科学院历史研究所于 1976～1985年组织进行的哈剌和林考古发掘研究工作结束后，未回填挖坑而且没有采取任何保护措施，当地居民把生活垃圾等废物倒进挖坑里，甚至某些觉悟低的人从遗址上取走砖瓦、石碑等遗物利用于现代建筑当中，导致遗址周围环境被严重污染，有些遗迹和遗物惨遭破坏。
哈剌和林古城遗址周围共有四座石雕龟趺。其中位于鄂尔德尼召寺西南 12 公里处的一座是未完成的雕塑品，它既无嘴脸，又无龟甲和脚掌，只凿出全身的轮廓。虽未完成雕塑，但它记录了古代哈剌和林工匠的凿石技术的发展阶段。可惜，后来当地人们出于迷信思想对其进行改造，加工成“完整的形式”，使这一历史文化遗存失去其传统风貌和文化价值。
后来，蒙古国人民、政府官员和考古工作者逐渐意识到哈剌和林古城遗址研究和保护工作当中存在的问题并采取了一些保护措施。但是，由于资金缺乏、技术力量不足等原因，哈剌和林遗址的保护工作仍未令人满意。90 年代开始，蒙古国与日、德等发达国家合作，利用世界先进的技术与方法对哈剌和林古城遗址进行考古调查及研究，同时遗址的保护与修整工作取得了重大进展。1995～1996 年，根据联合国教科文组织（Unesco）《蒙古国哈剌和林都城遗址的保存和修整计划》进行的蒙日联合考古调查研究过程中，两国研究人员制定了遗址的保护与修整方案，划定保护区，采取禁止遗址保护区内人们居住和进行经济活动等措施，防止遗址受到更大的破坏。2000 年，德国专家对万安宫南侧发现的四处砖窑遗址进行修整，并计划建立一座小型博物馆加以保护。这些工作解决了哈剌和林遗址存在的一些重大问题，对哈剌和林古城遗址保护与修整工程的深入具有重要意义。
哈剌和林古城遗址的保护与修整工作还需要进一步提高政府工作人员、专家学者及当地居民的遗址保护意识，制订科学的保护规划，采取具体的保护与修整措施；需要在城墙、宫殿遗址、传统主轴线、手工业作坊和商业店铺遗迹及出土文物等方面加大保护力度，完整地突出它们的历史价值和学术价值。
哈剌和林有着光辉灿烂的文化与传统，承载着一种地域文化和民族文化。它记录了蒙古帝国盛衰的历史，保护哈剌和林古城遗址等于保护蒙古帝国的历史文化。做好哈剌和林古城遗址的保护与修整工作不仅对蒙古国文化遗产有着重大的意义，而且对世界文化遗产具有深刻的影响。
