根据上述职责，阿坝州人力资源和社会保障局设19个内设机构：
（一）办公室
拟订年度工作计划和总结，负责机关文电、会务、文秘、机要、档案、目标管理、信息、安全、保密以及政务协调、政务公开、应急管理、督查督办、绩效考核、机关运转、后勤保障以及机关财务和国有资产管理等工作；负责机关和直属事业单位的机构编制、人事管理、工资福利、职称评聘、人事档案管理及离退休人员管理服务等工作。承办局机关和直属事业单位人事制度改革工作；管理局机关公共行政及事务工作；监督管理局直属事业单位的财务工作；组织办理单位史志、年鉴、大事记起草修订及人大代表建议、政协委员提案等工作。
（二）政策法规科（行政审批科）
组织开展人力资源和社会保障政策的综合研究工作；负责起草人力资源和社会保障地方性规章和规范性文件草案，负责本系统、本部门依法行政工作；承担相关行政执法监督、行政复议、行政应诉和行政调解工作，承担有关规范性文件的合法性审核及报送备案工作；承担重大综合性文稿及政策性文件审核、重大课题调研、新闻宣传等工作；承担有关行政审批事项。
（三）综合规划科
负责拟订人力资源和社会保障事业发展规划和年度计划；负责有关人才规划、信息规划和项目规划工作；承担有关科技项目和国际援贷款项目管理工作；承担人力资源统计管理工作；会同有关部门编制全州及州本级社会保险基金预决算草案。加强信息化建设和综合管理工作；负责全州人力资源和社会保障电子政务工程建设和综合管理工作，并组织实施。
（四）就业促进与失业保险科
负责拟订就业规划和年度计划、以及劳动者平等就业、农村劳动力转移就业、参与拟订专项就业资金使用管理办法；健全公共就业服务体系；指导和规范公共就业服务信息管理；牵头拟订和实施高校毕业生就业政策，会同有关部门组织实施高校毕业生服务基层项目；拟订和实施创业、就业援助和特殊群体就业政策；拟订国（境）外人员（不含专家）来州就业管理政策；拟订全州失业保险政策、规划和标准以及失业保险基金管理办法并组织实施。建立全州失业预警制度，拟订预防、调节和控制较大规模失业的政策。拟订经济结构调整中涉及职工安置权益保障的政策。
（五）劳动关系科
负责拟订劳动关系政策；牵头拟订劳动合同和集体合同制度实施规范和工资集体协商规则；拟订企业职工工资收入分配的宏观调控政策，拟定全州工资指导线和最低工资标准政策。指导和监督企业工资总额管理和企业负责人工资收入分配；指导劳动标准制定工作；拟订消除非法使用童工政策和女工、未成年工的特殊劳动保护政策；审核并发布地方劳动定额标准；负责企业经济性裁员的备案工作；负责劳动关系三方协调工作机制日常工作。
（六）人力资源市场科（农民工工作科）
负责人力资源市场发展政策和规划、人力资源服务机构市场准入管理制度政策的贯彻落实；负责拟订和实施全州劳务开发及农民工工作综合性政策和规划并推动相关政策的落实；承担指导和监督对职业中介机构的管理；协调解决处理涉及农民工的重点难点问题和重大事件，维护农民工合法权益。
（七）培训与职业能力建设科
负责拟订并实施公务员培训以及专业技术人员继续教育规划和计划，城乡劳动者职业培训政策、规划以及高技能人才、农村实用人才培养和激励政策；在国家、省教育工作方针政策指导下，拟订职业培训机构发展规划和管理规则，指导师资队伍和教材建设；完善和实施职业技能资格和职业技能鉴定工作制度；研究提出贯彻国家职业分类、职业技能国家标准和行业标准的意见。
（八）公务员职位管理科
组织拟订全州实施公务员管理法律、法规、规章的意见和实施情况的监督检查；贯彻落实公务员行业规范、职业道德建设和能力建设政策；组织实施事业单位参照《公务员法》管理工作；完善和实施公务员、参照《公务员法》管理人员的日常登记具体办法；实施公务员职位分类标准和管理办法；贯彻落实聘任制公务员管理的具体办法；完善和实施公务员职务任免与升降、竞争上岗、交流与回避等制度；承担州级行政机关公务员及参照《公务员法》管理人员的调配工作；承办提请州人大常委会和州政府决定的人事任免事项。
（九）公务员考录奖惩科
完善全州公务员考试录用、考核奖励制度；组织实施全州机关公务员、参照《公务员法》管理单位工作人员的考试录用工作，拟订新录用人员试用期管理办法的具体措施，贯彻执行公务员录用考试违纪违规行为处理办法；负责州级机关公务员日常考核、年终考核及各县公务员年度考核指导工作；负责综合管理政府奖励表彰工作；实施国家荣誉制度、政府奖励制度；组织实施以州政府名义奖励表彰的活动；审核州直部门全州性评选表彰工作方案和表彰对象；承办公务员和公务员集体记二等功及以上奖励事项；承担州级行政机关公务员和公务员集体奖励实施方案审核工作。完善和实施公务员申诉控告、惩戒、辞职辞退等制度，审核报请州政府批准的处分。
（十）专业技术人员管理科（阿坝州职称改革领导小组办公室）
综合管理全州专业技术职称、专家工作；负责拟订全州专业技术人员管理和继续教育政策；完善博士后管理制度，承担高层次专业技术人才规划和培养工作；深化职称制度改革，完善专业技术人员职（执）业资格制度，承担州职称改革领导小组的具体工作；负责各类专业技术人员资格（水平）考试的管理及资格证书的核准、审验工作；贯彻执行省吸引留学人员来川（回川）工作或定居以及国（境）外机构在川招聘专业技术骨干的有关政策。
（十一）事业单位人事管理科
负责指导和组织实施事业单位人事制度改革和人事管理工作；拟订并实施事业单位工作人员和机关工勤人员管理、考核、奖惩及人员调配等政策；按照管理权限，承办事业单位岗位设置、聘用及管理工作，完善机关事业单位工勤人员岗位等级规范；拟订事业单位公开招聘人员[含招聘国（境）外非专家人员]政策并组织实施；承办州级事业单位工作人员和机关工勤人员的管理及人员调配工作。
（十二）工资福利与退休科
综合管理全州机关、事业单位工作人员的工资、福利和退休、退职工作；拟订全州机关、事业单位工作人员工资、福利、工龄计算、离退休、退职及受处分人员工资待遇政策并组织实施；负责州属机关事业单位的工资基金管理工作，承担州属事业单位工作人员的工资总额管理工作；负责全州机关事业单位人员获奖提高退休费待遇工作；负责机关事业单位工作人员的艰苦边远地区津贴、岗位津贴工作，配合有关部门做好公务员的津贴补贴工作；负责全州机关事业单位工资统计与综合分析工作。
（十三）养老保险科
负责拟订城镇基本养老保险发展规划，统筹拟订机关、企事业单位、城镇居民和新型农村社会养老保险政策并组织实施。拟订退休人员社会化管理服务规划和政策。会同有关部门审核关闭破产企业养老保险费欠费核销，完善和实施企业职工离退休政策。负责审核办理企业职工提前退休人员相关手续。会同有关部门拟订农村社会保险基金管理办法。完善被征地农民社会保障措施。
（十四）医疗与生育保险科
负责统筹拟订城镇职工医疗保险、城镇居民医疗保险、生育保险政策、规划和标准并组织实施；拟订医疗保险、生育保险基金管理办法和保险费率确定办法以及药品、诊疗项目、医疗服务设施的范围及支付办法；组织拟订定点医疗机构、定点零售药店的医疗保险和生育保险服务管理、结算办法及支付范围；拟订疾病、生育停工期间的津贴标准；拟订补充医疗保险政策和管理办法。
（十五）工伤保险科（阿坝州劳动能力鉴定委员会办公室）
负责拟订全州工伤保险政策、规划和标准以及工伤保险基金管理办法、待遇项目。拟订全州工伤预防、认定和康复政策并组织实施。组织拟订定点医疗机构、药店、康复机构、残疾辅助器具安装机构的资格标准；指导、监督工伤伤残等级鉴定工作。
（十六）社会保险基金监督科
负责拟订社会保险基金监督制度；拟订社会保险基金管理办法和预警制度。依法监督社会保险基金征缴、支付、管理和运营；完善内控制度，组织对社会保险经办机构内部控制的评价；查处基金安全的违规违纪案件；参与拟订全州社会保障资金（基金）财务管理制度；参与拟订社会保障基金投资政策。
（十七）调解仲裁信访科（阿坝州劳动人事争议仲裁委员会办公室）
统筹拟订和实施全州劳动、人事争议调解仲裁工作规划和相关规定；指导和协调全州劳动、人事争议调解仲裁工作；指导开展全州劳动、人事争议预防工作；依法组织协调处理跨地区的重大劳动、人事争议；承担劳动、人事争议仲裁员的有关培训和管理工作；负责全州劳动、人事争议处理情况的统计分析和上报工作。贯彻执行党和国家、省、州有关信访和稳定工作的法律、法规及政策；研究分析全州人力资源社会保障系统信访及稳定工作情况；负责协调相关科室和下属事业单位接待、处理人民群众来信来访工作；督查督办重大信访和涉稳事件；协调处理群体性突发事件；检查指导全州人力资源和社会保障系统信访与稳定工作。
（十八）劳动监察科
负责拟订劳动保障监察工作规划和制度；组织实施劳动保障监察，依法督办重大案件；指导各县开展劳动保障监察工作；协调跨区域劳动者维权工作，组织处理有关突发事件；负责劳动监察员培训和管理工作。协调解决处理涉及农民工的重点难点问题和重大案件，维护农民工合法权益。
（十九）引智与外国专家工作科（阿坝州引进国外智力领导小组办公室）
负责拟订全州引进国（境）外智力的政策、中长期规划并组织实施；制订全州引进国外智力项目的年度计划并组织实施；归口管理在州工作的外国专家，协助办理外国专家来华工作许可。承担引进国外智力专项经费的管理工作。负责全州派遣团组和人员赴国（境）外培训工作，负责全州聘请外国专家资格单位的管理并开展年检工作；负责引进国（境）外智力的宣传、安全、保密工作；承办对有突出贡献的外国专家的奖励事宜；负责引智成果的总结、鉴定和推广工作；指导、协调各地、各部门的引智工作。承担州人力资源社会保障方面的国际交流与合作工作。
