金陵大学创立初期仅设文科。1913年，恢复医科。1914年，创办农科，为中国四年制大学农业教育之先河。同年改组文科，设国文、英文、历史、哲学、社会学、政治学、经济学、教育学等系，数理学科仍附设在文科。1918年，农林科筹设蚕桑系和蚕桑特科。1921年，改文科为文理科，理科部分设化学、数理两系及工业化学科和医学先修科，增授理学士学位。1926年，文理科增设国文专修科。 至1926年，文理、农林两科之下共设有国文、外语、宗教、教育、历史政治、社会经济、理、化学、森林、棉作、蚕桑、农业经济、乡村教育等13个系，附设有鼓楼医院、金陵大学附中等学校。 早期金陵大学的教材、图书杂志、教学仪器以至生活设施都来自美国，校长、教务长、各系主任、教授也以外国人为主。金大之课程设置，偏重于西洋科学与文化；日常教学用语除国文和经史等课程外，都用英语，文娱活动场所，实验室内，运动场上，甚至学生助威的啦啦队亦不例外。（图册图片来源：南京大学校史博物馆 ）
1927年，农林科成立园艺系。1928年陈裕光出任校长后，注重中国教育主权，维护民族尊严，发场中国文化。首先在国民政府教育部呈请立案，是第一个向中国政府请求立案并获批准的教会大学。同时增聘中国教职，加强中文、地理、历史的教学。并将金陵神学院从金陵大学脱钩出去，将宗教课由必修课改为选修课，尊重信仰自由。1928年9月，经国民政府大学院（教育部的前身）批准，设立文、理、农三学院。
1930年，金大按《大学组织法》成立与文、理、农三学院并列的中国文化研究所。1931年理学院建电机工程科，1932年成立化学研究所。1934年停办医学先修科，在动物学系增设医学动物组以替代。1935年，农学院成立农科研究所农业经济学部。
金陵大学文理农三院嵯峨，英语文学和中国文化研究成就卓著，尤其农林为中国先驱闻名世界。其他方面亦有发展，如开创中国电影教育、首开中国医科七年制教育和博士教育。在美国对外人在华所办大学ABC编类中，是中国唯一的一所A类大学，享誉海内外。
金陵大学是美国人办的大学，英语是主要的教学语言，金大学生尤以英文水平高而被称道。在教会大学英语演讲、辩论比赛中，其他大学学生都是西装革履，唯金大学生长袍布履，夺冠者则多为金大，而且一度金大理学院学生的英语水平胜过其他大学英语系学生，引起国民政府教育部关注，曾特别委派社会教育司司长陈礼江等人进行调查。20年代初，由金大首倡，金大与之江、沪江、圣约翰四教会大学一起开始定期在南京、杭州、上海等地轮流主办英语辩论友谊赛。在这些赛事中，出战的金大辩论员因在舌战中“观点正确，内容丰富，曾蝉联六年英语辩论比赛锦杯。 文学院是由金陵大学成立最早的文科发展而来，其教学与科研地位突出，首任院长为刘国钧，其间，陈裕光校长曾一度兼任院长，刘崇本、刘乃敬等先后也曾任院长。
文学院共设中国文学、外国文学、史学、政治学、经济学、社会学、哲学、教育学等8个系，在组织建构上为： 7个主系、3个辅系（教育系下属三个组均为辅系）、2个专修班、1个研究班、2个研究部，以及若干选修课程。文学院建院时学生达206人。全院主要教授有： 刘继萱、刘崇本、刘乃敬、吴世瑞、胡小石、贝德士(M. S. Bates，美籍)、陈恭禄、王绳祖、吴景超、章文新（J. P. Jones,美籍）、芳卫廉（美籍)、柯象峰、马博厂、徐益棠等。 （图册图片来源：南京大学校史博物馆 ） 1930年春，金陵大学将文理科分开，成立文学院和理学院。理学院先后设置物理、化学、生物等系，复员后的教学行政体制为6系1部1专修科，即数学系、物理系、化学系、生物学系、化学工程系、电机工程系、理科研究所化学部和电化教育专修科。
理学院在短短的20多年中，虽受社会动荡的影响，但仍能贯彻自主办学的宗旨，在各项事业上均取得相当的成功，为国家、为社会输送了一批批急需的人才，做出了很大贡献。 （图册图片来源：南京大学校史博物馆 ） 金陵大学农学院的创办，肇端于美国学者裴义理（Joseph Bailie）的义农会。1911年江南省一带暴雨成灾，“二十余州县灾民三百万人，已饿死者约七八十万人，奄奄待毖者约四五十万人”，金陵大学教习裴义理“深感农业改进之重要”，和张謇等人发起成立“中国义农会”，得到孙中山、袁世凯、黄兴、黎元洪等三十位民国要人“竭力襄助”，由华洋董事组成董事会，故又称“华洋义赈会”。在华洋义赈会以工代赈活动中，裴义理继感农林人才缺乏，乃于1914年在金陵大学创设农科，次年设林科，再一年合并为农林科，裴义理任主任。
1917年裴义理辞职返美，芮思娄（J. H. Reisner）任农林科主任。1918年，与“万国蚕桑合众改良会”合作成立蚕桑学系，由吴伟士（C. W. Woodworth）主持。同年，农科首届毕业生李积新、陈桢、叶元鼎、徐澄、潘健卿、赵叔愚六人毕业。1921年设立农业经济学系，由卜凯（J. L. Buck）主持。1930年农林科改为农学院，谢家声任院长。金陵大学农学院采用“教育、研究与推广”三位一体，推动了中国农业的近代化。
胡适对金陵大学农学院的评价是：民国3年以后的中国农业教学和研究的中心是在南京。南京的中心先在金陵大学的农林科，后来加上南京高等师范学校的农科。这就是后来金陵大学农学院和国立东南大学（中央大学）的农学院。这两个农学院的初期领袖人物，都是美国几个著名的农学院出身的现代农学者，他们都能实行他们的新式教学方法，用活的材料来教学生，用中国农业的当前困难问题来做研究。金大的农林科是1914年（民国3年）创办的，南高的农科是1918年（民国7年）成立的。从‘雇佣江北难民在紫金山造林，以工代赈’开始，在20多年之内，发达到全中国农业科学的教学研究的一个最重要中心——全中国作物品种改良的最重要中心，这一段历史是中国科学发达史的一叶，是中华民国教育建设史的一叶，是很值得记载的。 （图册图片来源：南京大学校史博物馆 ） 南京大学两院院士（金陵大学部分）
一、 中国科学院
(一) 数理学部院士
陈彪 天体物理学家，长期担任中科院紫金山天文台太阳物理研究室负责人，1982年任中科院云南天文台台长，1986年任名誉台长。1946年毕业于金陵大学物理学系。
魏荣爵 声学家，南京大学教授，南京大学物理学系系主任，中国声学学会名誉理事长。1937年毕业于金陵大学理学院物理系。
(二) 化学部院士
程镕时 高分子物理及物理化学家，南京大学化学系教授、博士生导师，华南理工大学教授。1949年毕业于金陵大学化学系。
戴安邦 无机化学家，南京大学化学系名誉系主任，教授。1924年毕业于金陵大学文理科化学系。
李方训 物理化学家，金陵大学校长、南京大学副校长、教授。1925年毕业于金陵大学化学系。
陆熙炎 有机化学家，中科院上海有机化学研究所研究员。1946～1947年在金陵大学化学系学习。
汪猷 有机化学家，中科院上海有机化学研究所名誉所长。1931年毕业于金陵大学工业化学系。
吴征铠 物理化学家、放射化学家，中国核工业总公司科技委员会高级顾问，1934年毕业于金陵大学化学系。
(三) 生物学部院士
陈焕镛 植物分类学家，原中科院华南植物研究所所长，1920年应聘任金陵大学林学系教授，后转至国立东南大学任教。
陈桢 动物遗传学家，原中国科学院动物研究所所长，1918年金陵大学农林科毕业，1922年后任国立东南大学生物系教授，动物系系主任，1928年8月任中央大学理学院生物系副教授。
戴芳澜 真菌学家，原中科院微生物研究所所长，1923～1927年任国立东南大学教授，1927～1934年任金陵大学教授。
戴松恩 作物遗传育种专家，中国农业科学院研究生院前副院长。1931年毕业于金陵大学农艺系。
邓叔群 真菌学家、森林学家，原中科院微生物学研究所副所长，1928年任金陵大学副教授。
李继侗 生态学家，原内蒙古大学副校长、教授。1921年毕业于金陵大学。
钱崇澍 植物学家，原中科院植物研究所所长，1919年任金陵大学教授，1920年任中央大学教授。
裘维蕃 植物病理学家、真菌学家，北京农业大学植物保护系教授。1930年入金陵大学农学院植物病理系学习，毕业后留校任教，1948年任清华大学副教授。
秦仁昌 植物分类学家，蕨类学家，中国现代著名植物学家，中国蕨类植物学的奠基人，中国植物学的一位拓荒者，原中科院植物研究所顾问。1925年金陵大学林学系毕业，1924年被聘为国立东南大学助教、讲师。
王应睐 生物化学家，中科院上海生物化学研究所名誉所长。1929年金陵大学毕业后，留校任教，1945～1948年中央大学医学院生化科教授。
魏曦 生物学家，原中国预防医学科学院流行病学微生物学研究所名誉所长，1921、1928年分别在金陵大学、中央大学学习。
吴中伦 森林生态学家、森林地理学家，中国林业科学研究院学术委员会副主任。1940年金陵大学森林系毕业留校任教，1945年中央大学农学院任技术员。
阳含熙 植物生态学家，中科院自然资源综合考察委员会研究员，1939年毕业于金陵大学森林系。
俞大绂 植物病理学家、微生物学家，北京农业大学名誉校长。1924年毕业于金陵大学，曾任金大植物病理学研究室教授、主任。
朱壬葆 生理学家、原军事医学科学院基础医学研究所副所长。1940年应聘金陵大学任教，1943～1946年中央大学生理研究所工作。
庄巧生 作物遗传育种科学家，中国农业科学院作物育种栽培研究所研究员。1939年金陵大学农学院毕业，后在金大任教。
沈蕴芬 原生动物学专家，中科院水生生物研究所研究员，1950年至1952年先后就读于金陵女子文理学院和金陵大学，1953年毕业于南京大学。
二、 中国工程院
陈俊愉 园林及花卉专家，北京林业大学教授。1940年毕业于金陵大学。
黄宗道 天然橡胶及热带作物专家，中国热带农业科学院研究员。1945年毕业于金陵大学农学院。
蒋亦元 农业机械专家，东北农业大学教授。1950年毕业于金陵大学。
刘大钧 植物遗传育种专家，南京农业大学细胞遗传研究所名誉所长。1949年毕业于金陵大学农学院，曾在金陵大学、南京大学任教。
卢良恕 小麦育种、栽培、农业与科技发展专家，这个农业科学院院长、研究员。1947年毕业于金陵大学农学院。
乔登江 核技术应用专家，国防科工委西北核技术研究所研究员。1952年毕业于金陵大学。
