防城港市港口区国家税务局的机构设置主要包括以下几个部门：
1. 办公室：负责制定年度工作计划，处理日常政务，起草文件和报告，负责督查督办，以及综合会议组织、秘书事务、文电处理等工作。此外，还管理机关财务、后勤保障和行政事务，包括采购、接待、安全保卫等。
2. 政策法规股：主要负责税政业务，包括增值税、消费税、所得税等税种的管理，增值税专用发票管理和防伪税控，进出口税收政策的实施和监督，出口退税审核，税收协议执行等。
3. 税源管理股：负责税源监控和管理，对纳税人进行分类管理，处理税务登记、纳税申报等事务，进行税源分析和评估，以及纳税辅导等工作。
4. 收入核算股：负责税收计划编制和组织收入，税款征收信息管理，税收收入分析，重点税源监控，税收会计和统计核算，税收数据管理等。
5. 纳税服务股（办税服务厅）：组织协调纳税服务工作，实施服务规范，保障纳税人权益，提供辅导、咨询服务，处理投诉，推动税收信用体系建设等。
6. 征收管理股：负责税收征管法规的执行，欠缴税款管理，纳税评估，税款征收等管理工作，以及税收征管质量的综合考核和金税工程的管理。
7. 人事教育股：负责人事管理、教育培训、离退休干部管理及党群工作，包括思想政治工作和精神文明建设。
8. 监察室：负责党风廉政建设、纪律检查、执法监察和接受信访举报工作。
9. 机关党办：负责机关的党群工作，党建工作，精神文明建设和统战工作。
10. 信息中心：负责系统的信息化建设规划、基础设施管理，应用软件开发，信息安全及数据处理工作。
企沙税务所则专注于企沙镇纳税户的日常税收征管和纳税服务。