南京航空航天大学和南京理工大学两所高校的实力是不相上下的。
1）南京航空航天大学是一所位于江苏省南京市的国家重点高校，是工业和信息化部直属高校，是江苏省教育厅、教育部、工业和信息化部，和中国民用航空局共同建设的一所国家重点高校；是原211工程高校，现双一流项目中的一流学科建设高校之一，其一流建设学科为力学、控制科学与工程、航空宇航科学与技术。
2）南京理工大学是一所位于江苏省南京市的国家重点高校，是工业和信息化部直属高校，是江苏省教育厅、教育部，和工业和信息化部共同建设的一所国家重点高校；是原211工程高校，现双一流项目中的一流学科建设高校之一，其一流建设学科为兵器科学与技术。
根据第四轮学科评估报告来看：
1）南京航空航天大学共有24个学科入围，其中有3个A-等级、5个B+等级、6个B等级、2个B-等级、3个C+等级、3个C等级、2个C-等级；
2）南京理工大学共有27个学科瑞，其中有1个A+等级、1个A-等级、4个B+等级、7个B等级、3个B-等级、5个C+等级、2个C等级、4个C-等级；
以入围学科数量来看，南京理工大学多了3个，但以入围学科质量来看，两所高校应该是实力相当的。以两所高校同时间入围的学科来看：
两所高校平级：
1）仪器科学与技术（厅歼链B-）
2）信息与通信工程（B）
3）控制科学与工程（B+）
4）数学（B-）
5）材料科学与工程（B）
6）计算机科学与技术（B+）
南京理工大学较好：
1）光学工程：南理（B+）、南航（C+）
2）电子科学与技术：南理（B）、南航（C）
南京航空航天大学较好：
1）力学：南航（A-）、南理（B）
2）动力工程与工程热物理：南航（B）、南改陪理（C+）
3）化学：南航（C）、南理（C-）
4）土木工程：南航（C）、南理（C-）
5）物理学：南航（C+）、南理（C-）
6）机械工程扮孙：南航（A-）、南理（B+）
7）外国语言文学：南航（C+）、南理（C-）
8）工商管理：南航（B）、南理（C+）
9）电气工程：南航（B+）、南理（C）
10）管理科学与工程：南航（A-）、南理（B）
11）软件工程：南航（B+）、南理（B）
12）马克思主义理论：南航（B）、南理（B-）
11）航空宇航科学与技术：南航（B+）、南理（C）
可以看得出在两所高校同时间出现的19个学科中，6个等级一样；南理有2个学科好过南航，而南航有11个学科好过南理。假如把南京理工大学的A+等级学科（兵器科学与技术）去掉，那么南航的优势应该就是会比较明显了。
尽管两所都是非常优秀的高校，也都是国家重点高校，同样是工信部直属高校，南京理工大学的强项学科和专业都是和兵器挂钩的，而南京航空航天大学的抢先学科都是和航空器挂钩的。但真的要比出个高低，南京航空航天大学的综合性质要比南京理工大学高出一些，除了兵器以外的其他学科基本上都要高出南京理工大学一点了。