1990年6月28日，深圳市颁布《关于对股权转让和个人持有股票收益征税的暂行规定》，首先开征股票交易印花税，由卖出股票者按成交金额的0.6%交纳，买方当时不缴印花税。同年11月23日，深圳市对股票买方也开征0.6%的印花税，内地双边征收印花税的历史从此开始，这种买卖双方各收千分之六的印花税是国内证券史上最高的。 1991年10月，深圳市将印花税率从0.6%向下调整到0.3%，上海证券交易所也开始对股票买卖双方实行双向征收，税率和深交所一样也是0.3%. 1992年6月12日，国家税务总局和国家体改委联合发文，明确规定股票交易双方按0.3%的税率缴纳印花税。
1997年5月12日，针对当时投机气氛过度的市场状况，证券交易印花税率从0.3%提高到0.5%.（注：利用大智慧查询当年5月13和5月14日大盘跌幅为2.41%和5.81%）
1998年6月12日，国家税务总局又将税率从0.5%下调至0.4%，这一A股税率一直持续到2001年。（当日上证指数跳空高开收盘上涨2.65%）
1999年6月1日，为了活跃B股市场，B股交易印花税降低为0.3%.
2001年11月16日，为了激活市场，财政部决定将交易印花税率从0.4%调整为0.2%，其中A股交易印花税率下降幅度达到50%.（注：当日上证指数跳空高开6.42%，图形上收盘是大阴线，但指数收盘仍上涨1.57%）
2005年1月23日，为了进一步促进证券市场的健康发展，经国务院批准，财政部决定从2005年1月24日起，调整证券（股票）交易印花税税率，由现行2‰调整为1‰。即对买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据，由立据双方当事人分别按1‰的税率缴纳证券（股票）交易印花税。
2007年05月30日为进一步促进证券市场的健康发展，经国务院批准，财政部决定从2007年5月30日起，调整证券（股票）交易印花税税率，由现行1‰调整为3‰。即对买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据，由立据双方当事人分别按3‰的税率缴纳证券（股票）交易印花税。央行5月10日发布的《2007年第一季度货币政策执行报告》披露，由于证券交易活跃带来了证券交易印花税的迅速增长，2008年1季度，证券交易印花税高达122亿元，同比增长515.9%.报告同时披露，2008年1季度全国财政收入（不含债务收入）高达1.18万亿元人民币，同比增长26.7%。2008年4月23日，财政部宣布证券交易印花税税率从4月24日起由3‰下调至1‰。2008年9月19日起，证券交易印花税实行单边征收，即只对卖出方（或继承、赠与A股、B股股权的出让方）征收证券（股票）交易印花税，对买入方（受让方）不再征税，税率仍保持1‰。
