根据上述职责，自治区人民政府外事办公室（侨务办公室）设12个内设机构：
（一）秘书处
协助办领导处理、协调机关日常政务；负责机关文电、会务、机要、档案、财务、政务公开、基本建设、安全保密、督查信访和翻译等工作。负责固定资产管理和政府采购工作；负责外事侨务系统的联络和内宾接待工作；会同有关部门研究拟订外事（侨务）政策法规；负责自治区党委外事工作领导小组办公室的日常工作。
（二）礼宾处
负责接待来自治区访问、过境的国宾、党宾及其他重要外宾；受理、接待外国驻华外交官和国际组织驻华人员来访事宜；承办自治区领导出国（境）的具体事宜，统筹安排自治区领导的外事活动；审核自治区及中央驻疆单位主办的国际会议及外事礼宾活动计划；负责协调安排外国金融、保险机构、商社、企业与自治区人民政府间非商业性的交往等事宜；负责审核外国副部长级以上政要及与我未建交国家官员来疆访问的有关事宜；负责外国人赴自治区控制开放区、非开放区的审核管理；负责审核外国人入出境的礼遇规格并出具相关的联检证明。
（三）邻国处
宣传并落实我国的边界事务政策和外交政策；负责国界的划界、勘界、联检的有关工作；会同有关部门做好边境管理和边境涉外建设等边界日常管理工作；指导并参与边防会谈会晤、领国情况调研以及与领国交往有关的涉外工作；负责完善边界工作的措施和规定。
（四）领事处（驻京签证办事处）
负责对外国驻疆官方、半官方机构的管理和服务工作；协调处理领事保护事宜及因公出国（境）人员的身份核查、证件补（换）发事宜；管理或协同处理涉外案件及其他重要涉外事项；协助对在疆外国人的管理；承办自治区和经授权的中央驻疆单位因公出国人员的护照审发和管理、外国签证的申办业务；代办领事认证；承办自治区和经授权的中央驻疆单位因公赴港澳通行证的审发和签注业务；核发邀请外国人访华的签证通知函电。负责驻京签证办事处的日常工作。
（五）出国管理处
拟定自治区因公出国（境）审批和管理的政策、规定和办法；承办自治区因公临时出国（境）、赴港澳地区的审批和管理工作，负责外国人来疆审批业务；负责对因公临时出国（境）人员进行出国前培训教育，检查了解出国团组和人员境外活动情况，进行出国效益评估；负责外国专家、留学生、实习生涉外事项的管理工作；协助有关部门做好出国培训有关涉外工作。负责自治区港澳事务管理工作。
（六）新闻文化处
负责国际形势、对外政策的宣传教育工作，提供重大国际问题和突发事件的宣传材料和对外表态口径；负责外事侨务的对外宣传工作，提供反映自治区区情、建设成就、民族政策的对外宣传品，协同有关部门做好自治区对外宣传、文化交流和民间外事、侨务教育工作；协同审核自治区重要涉外报道稿件；负责外国及港、澳地区记者来疆采访的接待和管理工作。负责《新疆外事》的编辑出版工作。
（七）国际交流处
负责我国加入的国际条约、法规在自治区的实施以及与国内法相衔接的有关工作；负责与外国驻华使领馆、国际组织驻华机构和我国驻外使领馆及其他驻外机构联系，协调自治区的官方和民间对外交往事宜；组织指导、参与和协助开展自治区国际交流与合作活动，为自治区对外开放和交流提出建议；负责办理与外国友好城市缔结友好关系的有关事项，管理和指导友好城市交往及其他民间对外交往工作。
（八）非政府组织管理处
负责境外非政府组织在自治区活动及自治区民间组织参加国际非政府组织活动的调研、管理等方面的工作；对各有关单位与境外非政府组织开展活动提供外交、外事方面的政策指导；配合有关部门做好境外非政府组织在自治区活动及民间组织参加国际非政府组织活动管理工作中的对外协调联络；承担机关的综合调研及修志工作。
（九）国内侨务处
负责国内侨情调研工作，拟订自治区侨务政策、法规和工作意见；会同有关部门依法保护华侨、归侨、侨眷在国内的合法权益；做好信访接待、侨务扶贫和其他为侨服务工作；负责华侨华人、港澳同胞回国（回乡）定居的有关工作；负责“三侨考生”的招生事宜及归侨、侨眷子女自费出国、留学人员身份审核工作。
（十）国外侨务处
负责国外侨情调研，开展对华侨华人及港、澳同胞和社团的联络、接待服务等工作；会同有关部门依法保护华侨华人在国内的合法权益；配合我驻外使领馆做好华侨华人和新移民工作；配合有关部门解决新疆籍华侨华人子女华文教育的有关事项；帮助归侨、侨眷依法继承和调回国（境）外财产。
（十一）经济科技处
会同有关部门制订有关侨属、侨资企业优惠政策、做好服务工作；做好接受国际与外国机构和人员以及华侨华人、港澳同胞的捐赠工作；协助有关部门做好引进外资、侨资、人才、技术、设备和开拓国外市场、促进对外经济合作等工作；为自治区外向型企业提供对外交往服务。
（十二）组织人事处
负责机关并指导直属单位的机构编制、人事、计划生育、出国（境）政审、安全保卫等工作，负责自治区外事侨务干部的培训工作；协助有关部门做好归侨、侨眷代表人物的人事安排工作；负责自治区外语翻译职称的有关工作。
新疆边防委员会办公室负责贯彻落实国家和自治区有关边防工作的方针政策和法律法规；落实新疆边防委员会的工作计划和安排；掌握自治区边防工作情况，开展工作调研，解决边境地区出现的新情况和新问题；研究制订搞好边境管控的措施和规定；负责自治区边防基础设施建设和维护管理工作。
机关党委负责机关及直属单位的党群工作。
监察室（与纪检组合署办公）为自治区纪委（监察厅）的派驻机构，负责机关和直属单位纪律检查和行政监察工作。
离退休干部工作处负责机关的离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
