民办非企业的注册资金会计处理涉及“货币资金”与“非限定性资产”科目之间的借贷。首先，当收到注册资金时，会计分录为：
借：货币资金
贷：非限定性资产
这里的“非限定性资产”科目用于记录非营利组织积累的、没有特定用途的净资产。借方登记非限定性资产减少，贷方则反映其增加。期末，非限定性净资产的贷方余额代表组织的累计非限定性资源。
在会计年度末，非营利组织需要调整其非限定性净资产。例如，将所有非限定性收入科目（如捐赠、会费等）的余额转入这个科目，借记相应的收入科目，贷记“非限定性净资产”。如果某些限制条件解除，限定性净资产会转为非限定性，借记“限定性净资产”，贷记“非限定性净资产”。
同时，费用类科目余额也会转入非限定性净资产，反之亦然。对于以前期间的会计差错或原则调整，需要调整非限定性净资产时，相应金额会通过借记或贷记“非限定性净资产”科目来完成。
以上会计处理反映了民办非企业注册资金的流入和流出情况，确保了财务信息的准确性和完整性。