牡丹江市粮食局内设机构职责明确，旨在高效管理和服务粮食行业。以下是各科室的主要任务：
办公室: 负责会议组织、文字综合等行政事务，包括政务公开、信息管理、机关财务，以及全市粮食安全生产的监督工作。
粮食调控科: 从事全市粮油流通宏观调控，制定粮食供需平衡计划、应急预案，监测市场，进行统计指导和监督检查，协调购销合作，编制运输计划，并负责进出口计划的组织协调。
财务审计科: 执行国家政策，管理粮食财务，监督政策性资金使用，指导财务工作，编制会计决算，审计直属企事业单位，并负责行政许可审批工作。
行业指导科: 协调粮食流通改革，推动经济交流和招商引资，制定产业政策，负责行业管理和目标管理工作，以及粮食行业协会相关事务。
粮食仓储物流管理科: 分析粮食生产，执行收购政策，指导农村粮食收购，监管市场，负责救灾粮管理和粮食物流，以及行政许可审批工作。
军粮供应科: 贯彻军粮供应政策，保障驻军部队的粮食供应，负责军粮筹措、储备及管理，确保军粮安全，同时负责保密工作和信访事务。
执法监督科: 负责粮食行业法规执行监督，协调相关执法工作，组织法制宣传教育，处理行政复议和行政诉讼事务。
组织人事科: 负责机关及事业单位的人事、机构编制、教育培训和劳动保险等工作，指导国有企业下岗分流和再就业。
纪检监察室: 负责局机关和企事业单位的纪检监察工作，包括行政监察和行风建设。