园洲四面环水,北有沙河,南有东江,因而得名“园洲”。
明崇祯二年(1629年),为东莞县辖地。
1950年6月,东莞县划分区人民政府,石排、园洲、民主、丰乐、大同共六个乡组成东莞县第七区。
1952年12月,珠江专区撤销,设立粤中行政区,东莞划归粤中行政区管辖。
1956年6月,第六区改称为企石区,同时划分石排、园洲、企石三个大乡。
1956年1月,因行政区划变迁,东莞县划归惠阳专区管辖。
1958年9月,东莞县第一个人民公社在园洲乡成立,命名为“五一人民公社”。
1959年3月,撤销惠阳专区,东莞划归佛山专区管辖。
1959年6月,东莞县把园洲划给了博罗,从此园洲归博罗县管辖。
1983年6月,改为博罗县园洲区。
1986年6月,园洲建镇,镇政府驻下南圩。
2005年12月,撤销原九潭镇并入园洲镇。