农发水保项目按项目区申请立项，项目区选择须符合下列条件：
（一）项目区应在《全国水土保持生态环境建设规划》、《国家农业综合开发水土保持项目规划》及流域水土保持规划确定的重点治理区内，与国家农业综合开发总体规划相衔接；
（二）按流域或区域集中连片，规模治理。每个项目区水土流失治理面积一般不少于70平方公里；
（三）当地政府重视，把水土保持工作列入领导目标责任考核内容；
（四）所在地水土保持机构健全，技术力量强；
（五）有资金配套能力，项目区群众积极性高，投劳有保障。 省级水行政主管部门根据《国家农业综合开发水土保持项目规划》，编制本省（区、市）项目建设规划。
农发水保项目根据规划分期实施，每个项目实施期为三年。 农发水保项目前期工作包括可行性研究和初步设计两个阶段。
可行性研究报告以项目区为单元，由省级水利水保部门组织编制。初步设计依据批准的可行性研究报告，以小流域（或单坝）为单元，由县级水利水保部门组织编制。 可行性研究和初步设计报告根据水土保持工程前期工作有关技术规范编制，并须由具有相应规划设计或水土保持方案编制资质的单位承担。
可行性研究和初步设计的投资概（估）算，按水利部颁发的《水土保持生态建设工程概（估）算编制规定》和《水土保持生态建设工程概算定额》执行。 可行性研究报告由省级水行政主管部门会同省级财政部门初审后，与省级财政部门联合报送水利部，经水利部审批后立项。未按要求联合申报或越级申报的项目，不予立项。
水利部在立项审批前，组织流域机构对可行性研究报告进行评估，其评估意见作为立项审批的重要依据；中央财政年度投资500万元（含500万元）以上的项目，项目可行性研究报告由国家农发办组织评估与审批立项。
第十一条 项目评估建立责任制。评估人员应对项目区选择的合理性、防治措施的技术可行性等做出客观真实的评价。因评估结论失实影响项目正确决策的，评估人员及其所属评估机构应承担相应责任。
第十二条 初步设计由省级水行政主管部门审批，作为施工和安排年度投资计划的依据。
第十三条 可行性研究阶段，须按照《水土保持重点工程农民投劳管理暂行规定》（水保[2004]665）的要求，落实群众投劳承诺。凡是投劳不符合有关规定、投劳不落实的项目，不予审批立项。
