该院在农业科学研究上拥有一定的优势，改革开放以来，共承担科研项目 500多项，累计获科研成果200多项，其中省部级科技成果112项，省部级二等奖以上重大科技成果28项，成果推广运用累计面积4000万亩以上，增产粮油果蔬约50亿公斤，新增产值约524亿元，培养乡土人才300多万人（次)，使60多万人脱贫，为该省科技兴农、科技扶贫作出了贡献。九五期间平均每年新增社会效益约4亿元，发表出版科技论著1000多篇(部)，许多论文已被国外刊物刊登或引用。
近二十年来，育成农作物新品种(组合)59个，其中水稻16个，玉米8个。小麦8个，小黑麦4个、大豆4个，油菜7个，蔬菜8个，瓜果4个。水稻两系新组合已取得突破性进展，杂稻两优363、金优431、威优467、I尤4761；优质杂交油菜黔油10、11、12、13、14号；杂交玉米黔原3号、黔单10号、黔玉1号；贵麦2号、5号、黔麦早2号；小黑麦新品种劲松5号、49号；黔辣1号，黔茄1、2号，黔白1、2号，黔甘1、2号，西瓜良种黔育1号、3号等已在生产上大面积推广应用。
在生物技术方面，黄连、油菜、魔芋组织细胞培养、猕猴桃新品种原生质体培养，都取得了较大进展。黄连组培技术，细胞中黄连素含量达5.21%，超过国内研究水平，油菜组培已培育出油菜不育系4个及相应的组合材料60个。
国际合作科研项目中国南方旱坡地持续农业管理通过几年努力，初步解决了贵州山区土壤流失的关键技术问题，应用生物梯化技术，使土壤侵蚀量减少82%，养分流失减少80%，这一技术已逐步在全省推广，既节省了人力、物力、财力，又保护了生态环境。
由加拿大国际发展研究中心资助的中国贵州山区社区自然资源管理研究项目，采取参与性社区管理研究方法，对林地、荒山草地、耕地、水等资源实行了6年系统研究，使各种资源在得到有效保护前题下，大幅度提高了利用率，显著改善了生产、生活条件，初步实现了试验区农村经济可持续发展，研究结果引起国际学术界高度重视，2000年在贵州召开了30多个国家参加的研讨会，得到专家高度评价。
该院的早果菜和冬果菜研究取得了很大成效。到目前为止，早熟蔬菜和冬果菜在全省10多个县(市)低热河谷地区已大面积推广，累计推广面积为160余万亩，产值约22亿元，纯收入约16亿元，推动了该省蔬菜周年供应问题的解决，为农民脱贫致富奔小康找到一条可靠的途径。取得显著的社会经济效益。
在果树新品种选育方面，该院先后鉴选了葡萄、龙眼、荔枝、油桃、黄肉桃、草莓、无籽柚、柑桔、猕猴桃、苹果等，丰富了该省果树栽培品种。
1996年-1998年，该院与安顺地区行署共同实施安顺地区百万亩粮油高产综合示范工程项目，我们选派了一名科技副专员，六名科技副县(市）长，17名科技副乡镇长和三十多名科技人员下到安顺地区六个县市住点工作，在当地政府高度重视和大力支持下，经过住点科技人员辛勤劳动，三年总增粮食2．31亿kg，总增油菜籽952．7万kg，新增产值3.52亿元。
红黄壤农业持续发展研究项目提出了黄壤综合改良技术，冷、烂、锈田改良技术，煤水田改良技术，在试验区范围内推广，1998年粮食产量比1991年翻了一番，农民生活有了明显改善。该技术已在全省大面积推广。
水稻、玉米微机测土优化配方施肥技术在全省推广400多万亩，使水稻、玉米产量大幅度提高。
农作物病、虫、草害防治研究，提出了水稻主要虫害、病害、草害一整套防治技术，在全省推广面积500余万亩，产生了较大的社会经济效益。
在科技开发方面，该院坚持以自身的科技成果运用开发为主，以自办或联办科技开发实体为基础，初步建成院所两级，以所为主，一所两制的科技开发体制，逐步建立科研与开发良性循环的运行机制。近几年来，先后创办了20多个科技型经济实体，其中院肥料示范厂，年生产能力上万吨，产品销往全省60多个县市。建立了以种子产业为主的贵州金农科技有限责任公司和优质米加工生产线，这些实体都在不同程度上取得了一定的经济效益。
