正德职业技术学院采用董事会领导下的院长负责制管理架构。学院由院长一人和三位副院长领导，设有专门的职能机构以确保各项工作的有序进行。
院级机构包括院办公室（党委办公室），主要负责日常行政事务；组织人事处负责组织人事和党务工作；教务处负责教学管理，确保教学计划的制定和执行；学生处关注学生的教育和生活管理；后勤处负责后勤服务与设施的管理；财务处则负责财务和资产管理；治安保卫处保障校园安全；招生就业办公室则负责招生和就业指导工作；高等教育研究室则进行学术研究和学报出版。
学院设有7个学系，即电子与信息技术系、工商管理系、艺术设计与建筑工程系、机电工程系、汽车工程系、国际经济与贸易系，以及基础部和图书馆，共同承担教学任务。学系根据专业目标和学生需求制定教学计划，审查课程大纲和教材，进行教学管理和实验实训工作。教学委员会对学院的教学决策具有重要作用，基础部负责基础课程和公共选修课，体育部负责体育教学和群体活动，图书馆则负责图书采购、管理和电子资源的维护。
此外，学院还设有健全的群团组织，如工会、团委、学生会等，以及15个学生社团，共同促进学生的全面发展。党群机构如党委、工会、党校等负责党内事务，而行政机构如院办公室、组织人事处等则承担具体的行政职责。
正德职业技术学院(正德学院)是1998年江苏省人民政府正式批准筹建的一所全日制民办普通高等学校由南京航空航天大学校友会和南京江宁经济技术开发总公司投资，挂靠南京航空航天大学。1999年起面向江苏省招收参加全国普通高校统一招生考试的学生。2001年7月12日江苏省人民政府批准正式建校。学院实行董事会领导下的校长负责制。2002年9月在校学生达5200人。