股市平准基金的运作机制由一个多元化的决策机构负责，该机构由证监会、财政部和中国人民银行的专员，交易所委派的专家，以及特聘的经济学家和证券业协会代表组成。他们的职责包括决定入市时机、交易规模和基金的长期战略。基金管理公司由经验丰富的证券交易专业人士组成，他们根据决策委员会的指令，负责实施具体的股票买卖操作，同时接受证监会的监督，形成决策、执行与监管的平衡体系。
在日常运营中，基金管理公司主要任务是筹集和管理资金。在市场波动不大的情况下，基金不采取干预措施。然而，当股市指数出现显著波动，如年下降30%或6个月内下降20%以上，平准基金才会介入，运用逆向操作手段来平抑市场波动。
平准基金的交易目标主要集中在影响力较大的上交所和深交所成分股，以及国家重点扶持行业的龙头股，以快速稳定股市指数，并体现国家的宏观经济导向。然而，中国股市的股权分置问题是一个挑战。尽管它曾有其历史作用，但现在被视为市场问题的根源。为了解决这一问题，政府和市场都致力于纠正“同股不同权、不同利”的现状。目前，股市指数的计算基于流通股价格，因此平准基金的交易对象自然也以流通股为主。直到股权分置问题得到彻底解决，即所有股票实现全流通，这一情况才会改变。
股市平准基金（Stock Market Stabilization Fund），也称股市干预基金（Stock Market Intervention Fund），是政府通过特定的机构以法定的方式建立的基金，通过在股票市场的逆大盘指数方向操作来熨平证券市场非理性的剧烈波动，其基本的作用机理类似于中央银行的公开市场操作。