Giotto 提供了一个全面的空间分析工具箱，其中 包含两个独立但完全集成的模块 。 第一个模块（Giotto Analyzer）提供有关分析空间单细胞表达数据的不同步骤的分析说明，而第二个模块（Giotto Viewer）在用户本地计算机上提供此类数据的响应式和交互式查看器。 这两个模块可以独立使用，也可以迭代使用。
Giotto Analyzer 需要一个 基因的细胞计数矩阵和每个细胞质心位置的空间坐标作为最小输入 。 在基础层面，Giotto Analyzer 可用于执行通常类似于 scRNAseq 分析的常见步骤，例如预处理、特征选择、降维和无监督聚类； 另一方面，主要优势在于它 整合基因表达和空间信息的能力，以便深入了解组织的结构和功能组织及其表达模式 。 Giotto Analyzer 创建了一个空间网格和邻域网络，将 物理上彼此靠近的细胞连接起来 。 这些对象作为执行与细胞邻域相关的分析的基础。
Giotto Analyzer 是用流行的语言 R 编写的，核心数据结构是 giotto 对象，它是专为 基于 R 中灵活的 S4 对象系统而设计的空间表达数据分析 。 足以执行所有计算和分析。 这允许用户快速评估和创建自己的灵活管道，用于空间可视化和数据分析。 Giotto Viewer 模块旨在以交互方式探索 Giotto Analyzer 的输出并可视化其他信息，例如细胞形态和转录位置。 总之，这两个模块为空间表达数据分析和可视化提供了一个集成工具箱 。
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