会罚款的。
第一，不管是盈利亏损，季度所得税申报必须报。
第二，逾期申报肯定会罚款，如果利润总额为0或负数，不缴纳所得税，可能还可以沟通一下，不罚款，但是如果需要缴纳所得税，那么必然会罚款，并按逾期天数计算滞纳金（1天0.5%)
第三，本年1季度的利润总额不可能直接弥补上年的亏损，只能预缴
第四，税务局对企业所得税有一定行业税负要求，所以适当纳税对企业是有一定好处的
工作日的时候，到税务局纳税视窗单独申报一次季度所得税申报表即可。
一般纳税申报流程
1、增值税申报
纳税人应在次月1日到10日内自行或委托社会中介机构到所在地国税机关办税服务厅纳税申报视窗办理纳税申报，申报里须持下列资料：
（1）纳税申报表；
（2）财务会议报表及说明资料；
增值税一般纳税人还需提供：增值税申请抵扣凭证，发票领、用、存月报表，增值税销项税额和进项税额明细表，国税机关要求申报的其他资料。
2、企业所得税纳税申报
企业所得税纳税人应当在月份或季度终了十五日内申报预缴，年度终了四十五日内进行年度申报（汇 总纳税成员企业和单位在季度终了十五日内或年度终了四十五日内向所在地税务机关报送申报表）， 年度终了四个月汇算清缴。申报时必须持下列资料：
A、季度预缴
（1）所得税申报表；
（2）财务会计报表及说明资料。
B、年度汇缴
（1）所得税申报表；
（2）所得税申报表附表；
（3）财务会计报表及说明资料；
（4）其他资料。
3、专用缴款书开具出口货物
纳税人开具出口货物专用缴款书时，应提供下列资料：
（1）《出口货物专用纳税申请表》；
（2）销售货物开具的增值税专用发票；
（3）出口销货合同或提供劳务的合同协议；
（4）购货单位出口的货物资格证明；
（5）购货单位税务登记证副本（影印件）
（6）购销双方营业执照影印件；
（7）企业提供的产品名称目录表。
4、逾期申报应纳税款的处罚
纳税人未按规定的期限办理纳税申报，或扣缴义务人未按规定的期限报送代扣代缴、代收代缴报告 表的，国税机关除责令限期改正外，并可处以一定数额的罚金。
1、企业所得税月（季）度预缴纳税申报表的实际利润额为按会计制度核算的利润总额减除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入后的余额。
2、小型微利企业需要进行认定方可享受优惠。
国家税务总局关于小型微利企业所得税预缴问题的通知
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：
为贯彻落实新的企业所得税法，确保企业所得税预缴工作顺利进行，经研究，现就小型微利企业所得税预缴问题通知如下：
……
三、企业在当年首次预缴企业所得税时，须向主管税务机关提供企业上年度符合小型微利企业条件的相关证明材料。主管税务机关对企业提供的相关证明材料核实后（可以理解为需要认定），认定企业上年度不符合小型微利企业条件的，该企业当年不得按本通知第一条规定填报纳税申报表。
四、纳税年度终了后，主管税务机关要根据企业当年有关指标，核实企业当年是否符合小型微利企业条件。企业当年有关指标不符合小型微利企业条件，但已按本通知第一条规定计算减免所得税额的，在年度汇算清缴时要补缴按本通知第一条规定计算的减免所得税额。
小型微利企业认定的大致流程（每个地方都不尽相同）：
一、认定范围
凡是符合小型微利企业条件的企业，都需向主管税务机关报送《小型微利企业认定申请审批表》。其他不符合条件的普通企业不需报送。
二、报送资料
企业要填报《小型微利企业认定表》，同时附报《企业所得税年度纳税申报表》、《资产负债表》和《企业职工花名册》，其中，“从业人数”按企业全年平均从业人数计算，“资产总额”按企业年初和年末的资产总额平均计算。
三、认定流程
企业下载、填制《小型微利企业认定申请审批表》→将该表送交主管税务机关→主管税务官员调查核实后审批认定→认定为小型微利企业后，由企业自行申报享受税收优惠。
四、注意事项
1、被认定为小型微利企业的纳税人，自二季度所得税预缴申报开始，自行申报享受所得税优惠。报表填报方法：“税率”栏填写25%，“利润总额”栏（定率征收企业为“应纳税所得额”栏）资料与5%的乘积，暂填入“减免所得税额”内。
2、未经认定或经认定不符合小型微利企业条件的纳税人，不得享受小型微利企业的税收优惠。
五、小型微利企业条件
小型微利企业，是指从事国家非限制和禁止行业，并符合下列条件的企业：
（一）工业企业，年度应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过100人，资产总额不超过3000万元；
（二）其他企业，年度应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过80人，资产总额不超过1000万元。
“应纳税所得额”按照企业所得税年度纳税申报表中的年度应纳税所得额确定
“从业人数”按照纳税年度内与企业形成劳动关系的职工全年平均人数确定。计算公式如下：
年度平均职工人数＝∑〔（月初职工人数＋月末职工人数）／2〕／纳税年度实际经营月份
“资产总额”按照资产负债表中的年初、年末资产总额平均计算确定。
营业利润=主营业务利润+其他业务利润-期间费用
其中：主营业务利润=主营业务收入-主营业务成本-主营业务税金
其他业务利润=其他业务收入-其他业务成本（含成本、税金、费用等）
利润总额=营业利润+投资收益+营业外收入-营业外支出
你将一个季度的收入归类汇总，税金及附加是有比例的，你一点都不懂很难理解，还是在身边找个专业人士辅导一下，这一行不是谁都可以随便看看都会的，有一定难度，专业性很强
根据《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）第六条规定，企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。
季度申报时，按年累计利润总额申报，
像你说的情况，7-9月份是不用预缴企业所得税的，因为你们年度累计亏损。
看一下国税函[2008]44号
1、加收滞纳金。
2、可以按《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条进行处罚，即可罚可不罚。具体看你的主管税务机关怎么操作。
一般应按照实际数预缴，本期数按4-6月填写，累计数应填写1-6月的合计数，另外，你家企业所得税征收方式是查账征收吗？没讲清楚，如果是查账征收的话，年终汇缴时如果亏损，可以申请退税。
您说的一、二点的做法完全符合现行企业所得税法的规定。
因为，根据《中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类)填报说明》规定：应交企业所得税额=实际利润额×适用税率
而实际利润额=利润总额-以前年度待弥补亏损-不征税收入-免税收入后。
所以说，一。先以前年度弥补亏损，有应税所得才纳企业所得税。二、当年累计亏损不交纳企业所得税，全年累计有实际利润额再预交企业所得税。