长期喝柠檬水，可以让人远离多种癌症。柠檬水中起到抗癌作用的主要营养成分是维生素，因为维生素C能有效中和体内引起致癌的亚硝胺、或阻断亚硝胺的合成；此外维生素还能对抗其他多种致癌物质，解除毒性,增加T淋巴细胞的数量和活力，从而对抗或消灭癌细胞。
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喝柠檬水能够帮助开胃促消化。柠檬中含有的芳香挥发成分，能够帮助生津开胃。而饭后喝柠檬水，其中含有的有机酸等物质能够促进胃酸分泌，加强肠胃的消化功能。
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胃酸过多，痰多气弱者，不宜食用，因为柠檬中的酸性物质会促进胃酸分泌；当然胃溃疡患者也不宜食用。
柠檬的含糖量较多，在8%~10%左右，与梨子、葡萄不相上下。糖尿病患者的糖代谢紊乱，不宜吃含糖量高的食物，也就不宜喝柠檬水。
牙痛患者多食由于内火上炎导致，柠檬水味算，容易产生内热，加剧牙痛。
柠檬酸味较重，柠檬水如果不加蜂蜜，酸味也比较重。酸味会刺激胃、十二指肠分泌胆囊素，引起胆囊收缩，诱发胆绞痛。一般来说，酸性食物对于胆囊炎患者尽量不要食用，不止是柠檬水，杨梅、醋、山楂等都不宜食用。
柠檬中的维生素C能与鱼、虾体内的金属砷发生化学反应，生成有毒物质三价砷，如果一次性食用大量海鲜，又喝柠檬水，维生素C不但被破坏，还极易导致中毒。
牛奶中含有丰富的蛋白质，而柠檬水中的果酸有凝固蛋白质的效果，不利于人体吸收营养。
以上食物中含有破坏维生素C的酶，这些食物与柠檬水同吃会降低彼此的营养价值。