在企业合并的过程中，特别是同一控制下的合并，其资本公积和留存收益的处理显得尤为重要。首先，这种合并以合并日被合并方所有者权益账面价值为基础，初始成本与实际支付的现金、资产转移和债务账面价值的差异会被记录为“资本公积”。
若需要冲减资本公积，当资本公积不足以抵消时，会依次从“盈余公积”和“未分配利润”中扣除。在编制合并资产负债表时，会通过抵销分录消除被合并方的留存收益，包括其盈余公积和未分配利润。这意味着被合并方在合并前的留存收益将并入合并方，相应地，集团整体的盈余公积和未分配利润会增加。
从控制权角度看，同一控制下的合并更像是企业权益的内部重组，而非实质性的交易，因为它并未改变最终控制方对经济资源的实际控制，不涉及经济利益的流入和流出。因此，合并财务报表的编制需要对期初数和比较报表进行调整，视合并后的主体自始至终存在。
总的来说，同一控制下的企业合并对资本公积和留存收益的影响，是对企业集团结构的调整，而非新旧主体间的交易行为，这在合并报表的处理中是显而易见的。