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基因注释怎么看
基因
组
注释
文件(二)| gff 和 gtf文件格式说明
答:
GFF和GTF是两种最常用的
基因
组
注释
格式,在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件,提取需要的信息进行注释。 GFF(General Feature Format)是一种用来描述基因组特征的文件,现在我们所使用的大部分都是第三版(gff3)。 gff文件除gff1以外均由9列数据组成,前8列在gff的3个版本中信息都是相同的,只...
基因注释
方面的问题
答:
注释
就是对代码的解释和说明。目的是为了让别人和自己很容易看懂。
基因
组,Genome,一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组,或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此,基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非...
怎样
检查
基因
组
注释
结果的可靠性
答:
基因
组
注释
主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。1:重复序列的识别。重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列(Interpersed repeat)两大类。其中串联重复序列包括有微卫星序列,小卫星序列等等;...
什么是
基因注释
?
答:
(1)分析mRNA 和EST数据以直接得到结果;(2)通过相似性比对从已知基因和蛋白质序列得到间接证据;(3)基于各种统计模型和算法从头预测。对预测出的基因进行高通量功能注释可以借助于以下方法,利用已知功能基因的注释信息为新
基因注释
:(1)序列数据库相似性搜索;(2)序列模体搜索;(3)直系同源序列...
基因
组
注释
分析主要包括哪些内容
答:
基因
组
注释
包括以下方面的内容:(1) 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库,找出序列中包含的重复序列,识别类型并转化为N或者X,统计各种类型重复序列的分布。(2) 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上,找出编码基因位置,预测编码基因结构。或者通过专业的外显...
基因
结构
注释
(1):从头注释
答:
可以看到在该文献中从头
注释
使用的是augustus和GlimmerHMM AUGUSTUS的无root安装比较麻烦,我折腾了好几天最后卒,不过辛亏有bioconda, conda create -n annotation augustus=3.3 我这次预测的
基因
是一种担子菌,可以使用 augustus --species=help
查看
已有的物种,在本次分析中,我使用laccaria_bicolor作为...
在基因组中有多个
注释
到某一
基因怎么
区分
答:
1、把EST用BLAT比对到
基因
组序列上,挑最好的match。2、下载同版本的基因组
注释
文件。3、 比较1和2中的基因组位置关系,并找出来未被基因组注释的EST。这时候应该还剩下上千条,其中绝大部分都是蛋白编码基因的反义RNA,当然一小部分是基因间区的非编码RNA。4.、将affimetrix的probe sequence用blast...
怎么
根据
基因
结构的
注释
信息来提取基因序列和mrna序列
答:
1、在NCBI上查找
基因
的mRNA序列。2、MessengerRNA(mRNA)——信使核糖核酸信使核糖核酸携带遗传信息,在蛋白质合成时充当模板的RNA。信使RNA从脱氧核糖核酸(DNA)转录合成的带有遗传信息的一类单链核糖核酸(RNA)。它在核糖体上作为蛋白质合成的模板,决定肽链的氨基酸排列顺序。mRNA存在于原核生物和真核...
基因
结构
注释
(2):同源注释
答:
首先选择同源物种,在本次分析中,我使用Saccharomyces_cerevisiae、Laccaria_bicolor、Amanita_thiersii、Pleurotus_pulmonarius、Pterula_gracilis进行同源
注释
然后使用TBLASTN确定匹配到
基因
组的蛋白序列 使用gth进行同源注释 删除一些无用的信息可以看到基本已经注释完成,但是exon之类的没有ID,在后续识别会有...
什么是
基因
结构
注释
答:
属于生物信息学范围名词,即以
基因
的结构作为客观依据,通常通过对其结构的改变观察相关基因的功能、性质的变化,来对于此基因结构所对应的功能予以联系。简而言之,便是通过研究基因的结构与其功能的关系,以求得通过观察基因结构便能预推出其功能的研究方法与思路。近来的研究表明,基因组不仅是基因的简单排列...
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