22问答网
所有问题
当前搜索:
基因注释种类
基因
结构
注释
(1):从头注释
答:
基因注释主要有三种策略
从头注释( de
novo prediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞,所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录...
基因注释
与功能的
分类
(3)
答:
一组
基因
直接
注释
的结果是得到大量的功能结点。这些功能具有概念上的交叠现象,导致分析结果冗余,不利于进一步的精细分析,所以研究人员希望对得到的功能结点加以过滤和筛选,以便获得更有意义的功能信息。富集分析方法通常是分析一组基因在某个功能结点上是否过出现(over-presentation)。这个原理可以由单个基因...
【必备技能】
基因注释
方法合集
答:
首先,了解
基因
ID的多样性是关键。让我们看看几种常见的ID
类型
:Symbol ID,如TP53,是我们在科研文献中常见的基因名称;Entrez ID,如TP53的7157,由NCBI的Entrez gene数据库赋予,通常以纯数字呈现;Ensemble ID,如ENSG00000141510,Ensembl数据库的详尽
注释
让每个基因可能有多个ID,其中ENSG是标志;G、T...
常用的编码蛋白质
基因
的
注释
方法有哪些
答:
三种。
第一个就是转录组或蛋白组数据,第二就是同源基因的数据,第三个就是从头预测
。从可信度方面来看,转录组或蛋白的数据注释出来的基因最可信,其次是根据同源基因注释出的基因,最后才是从头预测的基因。转录组出来的最可信,不表示就是100%正确。现下流行的蛋白基因注释流程基。
基因
组
注释
文件(二)| gff 和 gtf文件格式说明
答:
GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式
,在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件,提取需要的信息进行注释。 GFF(General Feature Format)是一种用来描述基因组特征的文件,现在我们所使用的大部分都是第三版(gff3)。 gff文件除gff1以外均由9列数据组成,前8列在gff的3个版本中信息都是相同的,只...
基因
组
注释
--重复序列注释(一):Trf软件安装与使用
答:
动植物
基因
组
注释
包括重复序列注释以及基因结构注释,重复序列注释是注释中非常重要的环节,主要包括的软件有Trf、LTR_Finder、Piler、RepeatScout、RepeatModeler、Repeatmasker和repeatproteinmask。我这次介绍Trf软件的安装与使用,Trf注释的是串联重复序列(以特定的重复单元首尾相接排列在基因组...
基因
组
注释
分析主要包括哪些内容
答:
基因
组
注释
包括以下方面的内容:(1) 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库,找出序列中包含的重复序列,识别
类型
并转化为N或者X,统计各种类型重复序列的分布。(2) 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上,找出编码基因位置,预测编码基因结构。或者通过专业的外显...
什么是
基因注释
?
答:
和EST数据以直接得到结果;(2)通过相似性比对从已知基因和蛋白质序列得到间接证据;(3)基于各种统计模型和算法从头预测。对预测出的基因进行高通量功能注释可以借助于以下方法,利用已知功能基因的注释信息为新
基因注释
:(1)序列数据库相似性搜索;(2)序列模体搜索;(3)直系同源序列聚类分析。
基因注释
方面的问题
答:
中文名称:基因 英文名称:gene 定义1: 编码蛋白质或RNA等具有特定功能产物的遗传信息的基本单位,是染色体或基因组的一段DNA序列(对以RNA作为遗传信息载体的RNA病毒而言则是RNA序列)。包括编码序列(外显子)、编码区前后对于基因表达具有调控功能的序列和单个编码序列间的间隔序列(内含子)。
基因注释
:大概...
基因
结构
注释
(2):同源注释
答:
首先选择同源物种,在本次分析中,我使用Saccharomyces_cerevisiae、Laccaria_bicolor、Amanita_thiersii、Pleurotus_pulmonarius、Pterula_gracilis进行同源
注释
然后使用TBLASTN确定匹配到
基因
组的蛋白序列 使用gth进行同源注释 删除一些无用的信息可以看到基本已经注释完成,但是exon之类的没有ID,在后续识别会有...
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
涓嬩竴椤
灏鹃〉
其他人还搜
基因突变改变了基因种类了吗
基因注释与功能分类
基因组注释的基本流程
基因类型的种类
基因注释
如何进行基因注释
基因注释怎么看
基因注释文件
编码基因的注释