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转录组数据分析软件
10X空间
转录组分析
回顾之Giotto
答:
Giotto 提供了一个全面的空间分析工具箱
,其中 包含两个独立但完全集成的模块 。 第一个模块(Giotto Analyzer)提供有关分析空间单细胞表达数据的不同步骤的分析说明,而第二个模块(Giotto Viewer)在用户本地计算机上提供此类数据的响应式和交互式查看器。 这两个模块可以独立使用,也可以迭代使用。Giot...
DESeq2
分析转录组数据
(一):构建DESeq数据集
答:
初学RNA-seq,用于有参原核
转录组
的
分析
,主要参照DESeq2说明书:(Analyzing RNA-seq data with DESeq2)和(RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression)。reads的count矩阵来源于featureCounts的结果,为原始mapping上的reads数,其格式如下:接下来构建DESeq2分析所需的...
RNA-Seq
数据分析
——原始数据质量控制(QC)
答:
RNA-Seq原始数据质量控制(QC)是非常重要的一个环节,由于各种原因,例如测序平台、实验操作等,原始测序数据可能存在不少问题,如低质量读段、接头序列、污染序列等。为了确保后续分析的准确性,需要先进行质量控制。一、常用工具:
常用的质量控制工具有FastQC、MultiQC等
,这些工具能提供测序数据的基本统计信...
NBIS系列单细胞
转录组数据分析
实战(八):拟时序细胞轨迹推断
答:
这里,我们选择聚类簇数为4进行k-means聚类
分析
。 现在,我们已经得到了slingshot分析所要用的两个文件:细胞降维的空间坐标矩阵和聚类分群的标签向量。接下来,我们就可以运行slinghsot进行伪时间推断分析。这是一个两步的过程,包括用基于细胞群集的最小生成树(MST)识别全局谱系结构,以及拟合主要曲线来描述每个谱系。 这...
转录组
时间序列
数据
处理
答:
生物学的时间相关数据本身预测属性和商业数据相比要弱很多。一种是单一条件的纯时间序列,主要看不同基因的表达模式,根据相似的表达谱将基因归为多个类有助于找到功能相似的基因。另一种情况是含有对照和处理的时间序列,需要再考察不同条件的差异基因。 关于时间序列
转录组数据分析
的工具,近三年来有两篇偏综述和测评类...
实验记录3:用R包Seurat进行QC、PCA
分析
与t-SNE聚类
答:
Seurat是一种R包,设计用于QC,
分析
和探索单细胞RNA-seq
数据
。 Seurat旨在使用户能够从单细胞
转录组
测量中识别和解释异质性来源,并整合不同类型的单细胞数据。运行R,并且加载这两个包 读取数据 原始数据的 基因数为33694,细胞数为1960.比较普通与疏松矩阵的内存使用:初始化Seurat对象: 命令 ...
scRNA-seq和snRNA-seq有什么区别?
答:
- 基因数量与特性:scRNA-seq包含线粒体和核糖体基因,而snRNA-seq由于关注核心转录,这些基因相对较少。- 整合与分析:尽管Seurat分析流程相似,但两者的质量控制(QC)标准不同,snRNA-seq可能需要更为宽容的参数设置,以保留更多
数据
。在AD(阿尔茨海默病)研究中,单核
转录组分析
揭示了异常的细胞类型...
如何将Seurat聚类结果导入到Loupe Browser
答:
10xGenomics官方软件Cellranger的分析没有对结果进行过滤,以及不能同其他分析无缝对接,需要再次分析。而Seurat作为使用最广泛的单细胞
转录组分析软件
,可以对
数据
进行各种质控以及下游分析。然而其官方可视化软件Loupe Browser对于没有R语言基础的老师来说,是十分方便的分析工具。但由于Seurat结果与Cellranger结果...
哪些生信可以用个人电脑跑
答:
4. RNA测序
数据分析软件
:如Tophat、Cufflinks等。这些软件用于处理和分析RNA测序数据,包括
转录组
组装和基因表达分析等。5. 蛋白质结构预测软件:如Phyre2、Swiss-model等。这些软件用于通过序列信息来预测蛋白质的三维结构。需要注意的是,个人电脑的计算资源有限,无法处理大规模的数据或复杂的生物信息学...
技术| 单细胞
转录组
测序之10x Genomics
答:
最后,测序完成后,现在的10X Genomics测序仪会同时进行一些简单的
数据分析
,包括每个样品的数据量,mapping rate,data filtering ,每细胞reads等等。当然,我们也可以自己拿数据跑Cell Ranger,随后可以用seurat包等进行后续的个性化分析也是没有问题的。以上就是对10X Genomics平台的简单介绍。完。
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