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16s测序
对细菌进行
测序
时,测的是
16S
rDNA还是16S rRNA
答:
测的是
16s
rDNA序列,或者说是16s rRNA 基因
微生物群落多样性
测序
数据怎么处理
答:
目前我们根据
16s
的
测序
数据可以将微生物群落分类到种(species)(一般只能对部分菌进行种的鉴定),甚至对亚种级别进行分析,几个概念:
16S
rDNA(或16S rRNA):16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志...
各位大虾好!这是细菌
16S
PCR产物电泳图像,大小为1.5kb,但条带上下出现...
答:
细菌
16S
rRNA基因序列是集高度保守和变异性与一身的,现在采用的多数PCR扩增引物都是采用的所有细菌的通用引物,即:几乎能够扩增出所有的真细菌。所以,16S rDNA的扩增面临的主要问题是污染,只要有其他细菌DNA的污染,就可能出现假阳性或
测序
重叠峰,也就是说一条1500bp的带可能是多个细菌的
16s
rDNA的...
16S
rRNA序列的功能是什么?
答:
16S
rRNA序列的差异可以反映不同细菌属、种之间的遗传关系,从而实现对细菌的分类鉴定。通过与数据库内已有的16SrRNA序列进行比对,可以准确地将不同的细菌分类到已知的系统发育树上。3.16SrRNA在微生物群落结构和多样性研究中的应用 通过对微生物群落内16SrRNA序列的高通量
测序
,可以了解微生物群落的种类、...
微生物多样性(扩增子/
16S
rDNA
测序
)—物种组成方法描述
答:
一、物种组成分析内容及意义 a)物种相对丰度图 根据 OTU 注释结果分别在各个分类水平:domain(域),kingdom(界),phylum(门),class(纲),order(目),family(科),genus(属),species(种)统计各样品的物种相对丰度并作图(依据给定的物种比例分布表格)。含义:样品中包含何种物种...
微生物多样性(扩增子/
16S
rDNA
测序
)—α多样性分析方法描述
答:
一、α多样性指数分析内容及意义 a) 群落生态学中研究微生物多样性,通过单样品的多样性分析(α[Alpha]多样性)可以反映微生物群落的丰度和多样性,包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。
16
0;b) α多样性指分析主要包括:①菌群丰度(Community richness)指数计算:Chao...
MiSeq测
16S
文库时,为什么要加PhiX
答:
这还要从Illumina公司的
测序
原理说起:Illumina的测序根本原理是用4种颜色荧光基团标记4种dNTP。在显微扫描镜下,通过对4种颜色的荧光进行分别扫描,得到4张照片,每张照片对应于一种颜色的荧光。把4张照片进行对比,把各张照片上的光点重合,计算每个光点的光的颜色强度,倒过来推算出这个点是哪种荧光基团...
细菌的
16S
rDNA序列测定能对其种属鉴定到什么程度 属?or种?
答:
细菌的
16S
rDNA序列测定基本都能鉴定到属,由于
16s
的基因序列长度有限,可变区也有限,只有1500bp左右,只有部分细菌能鉴定到种。如要鉴定到种可结合16s-23s可变区进行,但有些细菌的该区域还没完成
测序
。
16S
rDNA
测序
结果并基因比对后所得结果怎样得该菌的属种?
答:
有专门的
16s
rRNA数据库,里面每个序列对应什么菌种有注释,你将你的序列与其中的序列进行比对,找到最相似的那条序列,就可以认为你的菌种就是那条序列所代表的菌种
样品经过
16s
的pcr后电泳条带很亮,送去
测序
没结果是为什么
答:
我也遇到过类似的问题,PCR结果显示条带明亮,但
测序
结果却是混合物。估计还是引物特异性的的问题,测序PCR条件不一定
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