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16s测序及分析
怎样检测某段序列是否是
16s
rrna通用序列
答:
一句话:
16S
rRNA序列在进化上是保守的,通常用来鉴定细菌等原核生物,并可进行进化
分析
。 详细的:
16s
rRNA广泛存在于原核生物的细胞中,其分子长度约为1.5kb左右。 相比其他分子,16S rRNA既保证了较大的信息量(如5S rRNA太短, 包含信息量太少)又便于扩增和
测序
(23S rRNA较长,测序时比较麻烦...
16S
rRNA鉴定菌株的方法!求详细步骤!
答:
四、培养感受态细胞16或18小时,提取其质粒,然后将质粒拿出一部分跑胶,看提取情况并看一下分子量是否为
16S
rRNA和T载体的分子量之和,如果是,则成功 五、酶切所提取的质粒,以得到目的基因,跑胶,如果有目的基因大小的明亮条带则说明是16SrRNA,拿去
测序
就可以了 参考资料:http://ask.bbioo.com/...
常规PCR,目的是为了测
16S
,需要用荧光标记的引物来做PCR吗?
答:
16S
PCR 以查到很多通用引物的序列,直接按照这些序列设计引物即可扩增获得16S的序列。然后可以选择把PCR产物克隆到克隆载体上,选择1-3个克隆去
测序
,这样直接用克隆载体上的引物就可以进行测序。如果不想克隆,可以用扩增引物测序,但是没法拿到全长的序列,因为特别靠近引物的部分测得不是很准。另外,...
16s
rrna基因
测序和
功能基因测序的区别
答:
基因
测序
是测出DNA上的碱基是A,C,G,T中的哪一个;而基因检测是通过杂交或测序等方法来确定DNA序列中是否含有特定的一段序列,来明确相关的基因某些功能.比如耳聋基因检测就是用芯片来检测一个正常人是否携带隐性先天性耳聋基因或者药敏性耳聋基因.测序只是得到DNA的序列,而检测是最终要跟功能建立联系.
16s
rDNA 测出的两条序列都要比对吗?要拼接吗? 请高手指导一下,详细最好...
答:
如果你把克隆的
16s
rDNA克隆到载体上测序的,那需要先把载体序列去掉才能拼接,如果是PCR产物直接测序,那可以直接做拼接。另外,最好把测序长度超过800bp的序列也剔除掉,因为在一个测序反应里超过800bp的序列测序准确率低,可以参照测序峰图剔除测序差的序列。载体序列
和测序
差的序列都会影响到拼接。软件...
为什么现在放线菌
测序
确定分类地位用
16S
rDNA
答:
Woese等[3]与Olsen等[4]基于对
16S
rDNA的
分析
构建了现已被分认的全生命系统进化树,越来越多的细菌依据16SrDNA被正确分类或重分类,尤其是许多环境中的细菌[5。6],如Funke等将棒杆菌依赖细胞毒性1组及类似棒杆菌重新确定为放线菌的一个新种,即钮氏放线菌中,Bennasar等通过比较14株施氏假单胞菌的...
16s
rRNA序列中有专门区分种跟属的区域吗?
答:
参看上图,
16s
rRNA是总长1.6kb的序列,其中包含有9个可变区域,这些可变区域在不同的物种中是存在序列变异的。一般我们将相似度大于97%的序列归为同一种菌,所以通过对全长16s或其中的部分可变区域进行
测序
,然后比对根据相似度我们就可以鉴定细菌的种类的。
以细菌
16S
rRNA基因作为细菌鉴定的理论依据是什么?简述其基本操作流程...
答:
数据库的不断完善,应用该技术可以实现对病原菌进行快速、微量、准确简便地分类鉴定和检测。该技术主要有三个步骤:首先是基因组DNA的获得,其次是
16s
rRNA基因片段的获得,最后是进行16s rRNA基因序列的
分析
。※ 参考资料:http://baike.baidu.com/view/3237729.htm ...
16s
rna pcr
测序
要不要纯
答:
可以用pcr产物直接
测序
的,,不过之前最好检测一下条带是不是清晰,有没有杂带。引物可以用primer primer验证
细菌
16s
rdna
测序
后怎么比对和构建系统发育树,详细的步骤啊,老师不管我 ...
答:
有很多方法,可以下载软件也可以在线构建。在线构建可将你的序列输入PUBMED的Blastn中进行对比,结果中有一种就是系统发育树,但里面残余对比的序列太多,逆序挑选一下。软件有很多,比较简单的是DNAstar中的Megalin,但结果比较粗。推荐用Clustal X软件进行同源性比对后,运用MEGA3.0软件进行系统发育
分析
并...
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