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RNAseq与芯片
microarry
和
rna
-
seq
的区别
答:
microarry用于检测已知序列的样本,
rna
-
seq
已知序列和未知序列的样本都可以测序;microarry比较便宜,rna-seq相对较贵;
芯片
相比于测序,最大的优势在于对于低表达丰度基因具有较好的检测灵敏度与准确度,因为探针的排布是有选择的;而测序,即便在建库过程中进行了均一化,所检测到的肯定还是高丰度基因占数据...
如何开展基因表达研究
答:
答案在很大程度上取决于研究的目的。传统的qPCR最适合于少量目标和大量样品。
芯片
和
RNA
-
seq
最适合于整体的转录谱分析。芯片和RNA-seq之间的选择在于成本、数据处理的轻松程度以及检测灵敏度。芯片实验的优势在于它们很快,相对廉价,且数据存储和处理较为轻松。在很短的时间内可生成两个样品之间差异表达基因...
血浆样本进行
rna
-
seq
需要注意些什么
答:
血浆样本中RNA的含量较低,不容易获取,一般BIOG血浆核酸提取方法得率5-15ng/ul*50ul,这个量对于
RNA-seq
可能会稍有点低,可以采用BIOG游离核酸富集方法,相当于浓缩核酸的过程,测序一般至少1ug以上。
GEO
RNAseq与
chip seq数据整合
答:
GEO数据有
芯片
数据,也有
RNAseq
数据,芯片数据一般是经过背景校正、标准化过的。如果表达量较小,说明是经过log2转化。RNAseq数据有counts矩阵,也有FPKM。FPKM可以看做为基因的相对表达量,不能转为counts,根据公式可以看出。那么当有counts,有FPKM时,我们需要将count转为FPKM,或者将他们都转为TPM。接...
生信全书 挑 第一节:
芯片
基础知识
答:
其他
芯片
首先
RNA
-
Seq
的技术优势是: 1)不需要物种或转录本特异性探针;2)它可以检测新的转录本、基因融合、SNPs(包括突变)、INDELs(小插入和缺失)以及芯片无法检测到的其他未知的变化,而芯片是个相对封闭的系统,即只能对已知的序列进行检测;3)有更宽的动态范围;如果选择测序,还要注意:一是...
初识
RNAseq
答:
就想这样:第一列是基因名(人类基因组有大概2w基因,因此大概有2w行) 其他列是每个测序样本比对上的数量(6-成百上千不等),这里的6的考虑的是处理对照各3个重复,即Bulk-
seq
;大样本量的
RNA
-seq比如Single-cell,每个细胞都是一个样本,因此成百上千 每一行都是原始的统计值,每个基因...
3、
RNAseq
(3)--对RNAseq测序数据的质量控制(fastqc)
答:
一般测序在初步生成fastq文件时候,adapter会被去除,但是有的会没有去除或者遗漏部分adapter。所以这一步是检测
RNA
-
seq
测序过程中adapter是否去除。如果没有去除会严重影响后续的比对工作。没有去除的adapter在质量处理环节会被处理掉。参考链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/61847802 ...
rnaseq
怎么找通路
答:
rnaseq
这么找通路:1、KEGG:KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)是一种面向整个基因组的路径数据库,包括有关代谢和细胞过程的通路。2、Biocarta:BioCarta提供了一个简单易用的网站,用于显示基因在当前可用生物学途径上的相对位置,并提供与路径有关的丰富元数据。3、GO:GeneOntology(GO)是一种...
如何研究lnc
rna与
mrna的关系?
答:
目前市场上的lnc
RNA芯片
通常将lncRNA与mRNA设计在一起,
RNASeq
数据中也包含lncRNA, mRNA序列,因此可以通过分析lncRNA与mRNA表达相关性对lncRNA进行功能注释。 \x0d\x0a2.分析流程图\x0d\x0a\x0d\x0a3. 分析内容\x0d\x0a①计算LncRNA与mRNA表达相关性,根据设定的域值筛选lncRNA与mRNA关系...
CIBERSORT:反卷积推测bulk中的细胞类型
答:
CIBERSORT说的很清楚,
芯片
或者
RNA
-
seq
都可以,参数上选择不同而已,RNA-seq数据不建议直接使用Count,应使用FPKM和TPM或DE
SEq
2标准化后的矩阵为宜)首先LM22-ref.txt文件是什么,这里要从免疫浸润讲起,免疫浸润可以当作肿瘤组织中全部免疫细胞的总和,而LM22就是拿来分析免疫浸润的,所以我们用excel打开...
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