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RNA测序差异基因分析
如何研究lnc
rna
与mrna的关系?
答:
通过整合lnc
RNA的
信息和靶基因之间的关系,我们可以得到一个lncRNA与靶基因之间的调控网络图.五、 转录因子结合位点预测 对于
差异
表达lncRNA,提取转录起始位点上下游序列,使用预测程序对其转录因子结合位点进行预测.六、基因关联分析 现在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表达探针,通过将lncRNA的靶
基因分析
结果...
seq是什么意思?
答:
seq指
RNA
-seq。RNA-seq即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行
测序分析
,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。相关信息:在过去的十年中,RNA-Seq技术迅速发展,并成为了在转录组水平上
分析差异基因
表达/mRNA可变剪切的不可缺少的工具。随着下一代测序技术的发展,RNA-Seq技术...
RPKM、FPKM、TPM还在傻傻分不清?
答:
为什么要进行标准化
分析
呢?因为
RNA
-Seq中的reads数量不仅与
基因
表达量有关,还与基因长度、
测序
深度等因素有关。为了比较不同基因、不同样本之间的表达量
差异
,我们需要对reads数量进行标准化,以消除这些因素的影响。为了标准化,我们首先将测序reads数量除以基因长度,然后除以总reads数量。这样,我们就可以...
测序
原理笔记
RNA
-seq 和WES--day 5
答:
copy number variation (CNV))不敏感,如果是大片段的拷贝数变异,比如5M 以上,因为大片段会出现多个外显子,(全
基因
组
测序
,发现SV 和CNV),不能发现基因表达的
差异
;3,名词解释 biotin ,生物素;streptavidin 链霉亲和素 比较: WES,
RNA
-seq,这几个测序的差异 单端测序 和双端测序 ...
样本转录组
测序
送需要对照组吗
答:
需要。对照组是一组相对于样本组的正常对照,其用途有准确性验证、辨识基因的表达差异、功能富集分析等。对照组是进行差异表达分析的基础,缺少对照组,就难以准确判断基因表达变化的生物学意义和
分析差异基因
,从而失去了一个重要的研究角度。样本转录组
测序
是一种高通量测序技术,用于研究
RNA的
表达水平、...
用qPCR验证
RNA
-Seq挑多少个
基因
合适
答:
做完
RNA
-Seq
测序
之后,往往会用QPCR来验证一下结果。因为RNA-Seq测序数据得到的结果作为定量参考,参数的改变也会造成结果的不同。所以需要进行qPCR验证,表达水平的结果最终以实时定量PCR为准。一般需要验证
基因
的数目:20个左右 在验证时,往往会出现RNA-Seq测序结果和QPCR结果不一致的情况,遇到此类情况,...
在分析不同条件下细胞内基因表达
差异
和
分析基因
表达的不同可变剪接上...
答:
而蛋白质组鉴定覆盖度的范围往往是参照编码
基因
的数目,因此可寻求转录组水平的mRNA鉴定辅助蛋白质组的深度覆盖。除了覆盖度的优势以外,转录组水平在灵敏度和准确性方面具有无可比拟的优势,还可以更精确地鉴定到基因的可变剪接、
RNA
编辑等信息。目前,转录组
测序
(RNA-Seq)作为一项新一代测序技术,能在...
单细胞RNA系列专题之一:单细胞
RNA测序
中质控之重要细节 (上篇)_百度...
答:
单细胞
测序
的核心就是T-sne降维,以及聚类。那么在做这些工作之前的质控,会影响到整个
分析
的成败。这篇文章我就来给大家讲讲单细胞质控的那些事儿。首先,我们介绍转录表达中的一个现象:transcriptional bursting。什么叫做trancriptional bursting? 如下图:我们都知道,
基因
的转录和表达是有周期性的。当...
3、
RNA
seq(3)--对RNAseq
测序
数据的质量控制(fastqc)
答:
从read的总体
测序
质量分布来判定此次的测序质量,是质量
分析
的重要标准之一。 横坐标:表示read的测序质量Q=-10*lg10(error P)。 纵坐标:表示在该Q值下的read 的数量 标准:需要集中在高分区 横坐标:1-100的测序碱基位置 纵坐标:碱基百分比 标准:理论上,ATCG碱基的分布应该
差别
不大,即四条线...
转录组
分析
(3) - 质量控制
答:
一般
基因
组的GC含量有一个理论值,例如人类基因组的GC含量一般在40%左右。因此,如果发现GC含量的图谱明显偏离理论值,说明
测序
过程存在较高的序列偏向性,结果就是基因组中某些特定区域被反复测序的几率变高,这些区域的测序深度远高于平均测序深度,这将会影响下游的变异检测和CNV
分析
。这个图横轴是read上...
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