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nanopore测序仪
nanopore测序
技术专题(一):为什么要选择nanopore测序?
答:
首先,
Nanopore测序
的起点是原始数据的获取和预处理。借助poretools和MinKNOW等软件,我们从Nanopore设备中抓取那些蕴含丰富信息的FAST5文件,然后通过albacore或Guppy等工具将其转换成我们熟悉的FASTQ格式,为后续分析打下坚实基础。质量控制是任何测序实验的关键环节。Nanoplot工具能够呈现详尽的质量数据图,帮助我们...
科普讲堂 | 三代
测序
技术
Nanopore
的介绍
答:
相较于前两代测序技术,Nanopore纳米孔测序凭借其独特的单分子测序特性,正在基因组学、甲基化研究和突变检测等领域崭露头角。作为三代测序技术的杰出代表,牛津纳米孔科技(Oxford Nanopore Technologies)引领了这一领域的前沿发展。
Nanopore测序
原理揭秘纳米孔测序的核心原理基于纳米孔电学信号测序,其核心组件...
smrt测序和
nanopore测序
有哪些相同点和差异?
答:
SMRT测序由于其长读长的特性,常被用于检测基因组中的结构变异、解析复杂区域以及进行全长转录组研究等。
Nanopore测序
则因其灵活性和可便携性,有着更广泛的应用。例如,它可用于小型基因组和转录组的快速测序,也可用于大型基因组的结构变异检测和实时、现场的DNA测序等。总的来说,SMRT测序和Nanopore测序...
三代
测序
(
Nanopore
)
答:
虽然
Nanopore 测序仪
种类很多,但都是基于Nanopore芯片来搭建的平台,大到由多个芯片阵列组成的PromehION,GridION系列测序仪,小到可以连接手机的Type C,电脑USB的MnION系列便携式测序仪。这里边,最著名的就是MnION系列,2016年8月,美国宇航员凯特·鲁宾斯在国际空间站完成微重力条件的DNA测序。它在测...
法医鉴定采购
测序仪器
有哪些
答:
3、Pacific Biosciences (PacBio)测序仪:例如PacBio RS II、Sequel等,采用单分子实时(SMRT)测序技术,可以获得长读长的DNA序列信息,适用于一些复杂基因组的研究。4、Oxford
Nanopore测序仪
:例如MinION、PromethION等,利用纳米孔测序技术,可以实现实时测序,并且设备小型化,便于移动使用。
【生信知识】---
Nanopore测序
分析软件nanopolish
答:
前言: nanopolish是开源的综合性分析软件,集成了非常多的三代
测序
数据分析小工具。1.软件安装: 通过Github源码安装:或者,通过conda安装:2.主要功能:构建索引 与参考基因组比对 利用nanopolish检测甲基化位点 对结果进行过滤
16.
Nanopore测序
答:
Oxford
Nanopore
Technologies公司所开发的纳米单分子
测序
技术与以往的测序技术都不同,它是基于 电信号 而不是光信号的测序技术,该技术的关键之一是:他们设计了一种特殊的纳米孔,孔内共价结合有分子接头。在自然界中,有一种可以嵌入到细胞膜中作为离子或分子通道的跨膜蛋白,具有天然的蛋白纳米孔。经...
能说说
测序仪
的测序技术和原理是什么吗?
答:
而第三代
测序
,如PacBio和Oxford
Nanopore
,以单分子测序为主,PacBio的SMRT技术平均读长可达10Kb-15Kb,通过荧光标记鉴别碱基类型,ZMW技术则用于区分信号和背景噪声。然而,这些技术并非完美:PacBio SMRT虽然能检测表观遗传修饰如甲基化,但速度较快,错误率相对较高(约10%-15%);而MinION(Oxford ...
三代
测序
入门
答:
Nanopore 测序仪
MinION 的一些特征: ONT公司目前推出的几款测序仪: 在analysis文件夹中,下机的数据被分割为三个文件进行存储 数据的命名: Pacbio 数据的文库模型是两端加接头的哑铃型结构,测序时会环绕着文库进行持续的进行,由此得到的测序片段称为 polymerase reads ,即一条含接头的测序序列,其长度由反应酶的活性...
Make Decision: DNA甲基化检测方法,哪一款适合你?
答:
LUMA: 利用HpaII和MspI酶的独特特性,对CpG甲基化状态进行精细测量,但对DNA质量要求高,需配合焦磷酸
测序仪
。具体需求与深度分析 - 整体与位点特异性: 如果研究目标是全面了解,整体DNA甲基化检测如450K芯片是个好选择;而若需精确定位特定基因,MSP或MethyLight结合FQPCR,甚至是Bisulfite cloning & ...
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